横浜ランドマークタワー大規模火災から2年後。 2025年、東京都知事直轄の救命救急チームTOKYO MERの活躍が世間で高く評価されて主要都市の札幌・仙台・名古屋・大阪・福岡に新たなMERが発足していた。その一方で離島地域である沖縄、鹿児島にも事故や災害対応のためMERの誘致活動が活発化していた。南海地方に新たなMERを始動させるためにTOKYO MERから喜多見と看護師の夏梅が指導スタッフとして派遣されることに。オペ室を搭載した中型緊急車両NK1とNK1を搭載できるフェリーNK0を配備したチーフドクター候補の牧志秀実率いる海を渡り医療活動を行う新救命チーム南海MERの試験運用が始まった。話題となった南海MERだったが、発足後半年を過ぎても緊急出動件数はゼロ。チーム廃止の危機を迎えていたなか、鹿児島県諏訪之瀬島で大規模噴火が発生。大規模医療事案として南海MERに初めての出動要請がかかる。しかし島では溶岩が島全体を焼き尽くし、多くの噴石や火山灰が降り注ぐなかに島民79名が取り残されるという絶体絶命の状況。しかも島民の中には高齢者や子供も多く避難も容易ではない。南海MERは装備が貧弱で救命経験はゼロ。島では溶岩が炎が島民に迫り避難を拒む。救助ヘリは噴煙によって上空につけることは不可能な状態。さらには、応援要請をした海上保安庁、海上自衛隊の到着には相当の時間を要するというまさに絶体絶命の危機。今、目の前の命を救えるのは南海MERだけ。そして、南海MERは決死の覚悟で絶海の孤島に乗り込む。救助活動中も火山は容赦なく噴火し更には火砕流が迫り来るなか『待っているだけでは、救えない命がここにある』をモットーに東京チームでも経験のない大自然の脅威を相手に、南海MERが諏訪之瀬島の島民と連携して死者ゼロを目指し前代未聞の海を越えたMER史上最大の救命ミッションに挑む。