Headmasters starts with Galvatron leading a new batch of Decepticons to wage war on Cybertron, the Decepticon Headmasters. The Autobots are rescued by the arrival of the Autobot Headmasters, led by Fortress (Cerebros, the head of Fortress Maximus). It is revealed that Fortress left Cybertron millions of years ago in search of energy, and have finally managed to come home. He explains that the Headmasters are from a planet called Master; the human-sized robots who live there built themselves Transformers-sized bodies. They can then transform themselves into the heads of the robots, and have now joined the Autobots/Decepticons war.
Nel 2011, senza l'energia della Matrice per regolarlo, il supercomputer Vector Sigma comincia a destabilizzarsi, aprendo il pianeta fino a un'invasione da parte Decepticon e i loro guerrieri Headmasters. Anche se gli Headmasters Autobot, guidati da Fortress Maximus, vengono per aiutare le sorti della battaglia, la vittoria non è loro, svantaggiati anche nel non avere il potere della Matrice. Nel corso del conflitto, Optimus Prime muore ancora una volta, e Hot Rod torna ad essere Rodimus Prime, lui ora è il nuovo leader degli Autobot su Cybertron, mentre su Athenia, dove hanno un secondo posto di comando, il rappresentante del potere è Ultra Magnus, che porta la sua squadra sulla Terra ad Autobot City. I Decepticon invece sono appostati nella loro vecchia base sul pianeta Chaar, mentre sulla Terra si trova Sixshot. Operando all'ombra di Galvatron, il leader degli Headmaster Decepticon, Scorponok, sta progettando la sua vendetta contro Fortress. Quando Vector Sigma produce una nuova lega, il Cybertonuron, Scorponok, progetta la distruzione di Cybertron cercando di salvare la lega, attento che non finisca nelle mani degli Autobot o di Galvatron. Quando Cybertron viene distrutto, si pensa che Galvatron sia morto, mentre Rodimus Prime, parte per un viaggio alla ricerca di un nuovo pianeta per i Transformers. Scorponok inizia subito un piano per sfruttare la potenza dell'energia al plasma, distruggendo Marte per la ricerca del suo piano malvagio. Tuttavia, Galvatron si scopre che è sopravvissuto e torna a prendere il controllo dei Decepticon, conducendoli in una serie di raid interplanetari allo scopo di raccogliere a sufficienza dell'Energon per varare il suo piano. In battaglia in Alaska, però alcuni Headmaster Autobot fanno crollare pezzi di ghiaccio su Galvatron uccidendolo, ma permettendo Scorponok di assumere la leadership ancora una volta. I Decepticon ritirati dal pianeta Master, portano diversi rifugiati per fuggire dalla Terra, quando un'esplosione di energ
В 2011 году после долгого своего отсутствия силы десептиконов возвращаются на Кибертрон что бы захватить Сигма-компьютер, который в данный момент находится в стадии перенастройки, и очень уязвим.
400万年前、戦乱の続く故郷「セイバートロン星」を離れ、平和な新天地を求め旅立つ者が多くいた。その中に「マスター星」と呼ばれる惑星に不時着した者達がいた。この惑星の自然環境はあまりに過酷であり、彼らはそれに耐えるべく独自の進化を遂げた。その彼らこそが、「ヘッドマスターズ」である。
そして『2010』の翌年、西暦2011年から物語は始まる。マスター星を追放されたスコルポノック達がガルバトロンが指揮を取るデストロン軍団に加わる一方、同じくマスター星から彼らを追い戦艦マキシマスでセイバートロン星へとやって来たフォートレス達がサイバトロン戦士として加わり、戦いが再開された。
やがてサイバトロン総司令官はロディマスコンボイからフォートレスへと移る一方で、新破壊大帝ガルバトロンの滅亡と共にスコルポノックがデストロンリーダーとしての実権を握り、自らを恐怖大帝メガザラックと名乗る。
全宇宙を支配しようと企むデストロン軍団とそれを阻止せんとするサイバトロン戦士との戦いが、壮大な宇宙を舞台に繰り広げられる。
