妖神ゴブーリキが消滅してから5年。なぞの軍団の侵攻により、アララ城が陥落してしまった。一方、現実の世界では、ゲーム大好きな少年ラムネードが偶然出会った二人連れのゲーム売りの少女からCD-ROMを買っていた。早速ゲームを始めるラムネード。すると、ゲームの画面から二人の少女パフェとカカオが現れて…。
3代目勇者ラムネスとなったラムネードは、アドバイザーロボであるPQと出会った。そしてドン・ジェノサイの部下ダンディとリップに襲われたラムネスは、手に入れた神霊騎士カイゼルファイヤーに乗り込む。だが、一人では操縦できず大ピンチ! その時、伝説の勇者ダ・サイダーが現れ、ラムネス達は難を逃れるが…。
ドン・ジェノサイがアブラーム復活の儀式を行なっている次元城に向かうため、次元の門｢おったまゲート｣を探すラムネス達。とある温泉の湧く村にやってきた彼らに、ダンディ達が邪霊騎士で攻撃してきた! カイゼルファイヤーを呼ぶラムネスとダ・サイダーだが、思わぬ苦戦。その時、仮面の勇者・赤風と桃風が現れて…。
カカオのいたこダウジングでおったまゲートを探すラムネス達。何かにつけてケンカするラムネスとダ・サイダーに、パフェもPQも呆れるばかり。そうこうしなからダウジング水晶が示した先までやってきた一行の前に、無数のおったまゲートが現れた。ラムネスとダ・サイダーは、ダンディ達の罠とも知らず本物を探すが…。
最初のおったまゲートに入り、ラムネス達はガオガオゾーンに着いた。だが、いきなり巨大な怪物に襲われ、全員バラバラになってしまう。そしてパフェとカカオが、まさに怪物の餌にならんとしたその時、怪物はなぞの三人組に恐れをなし逃げ出してしまった。その頃、ラムネスは原住民と出会い、風呂のもてなしを受けるが…。
ガオガオゾーンにいるという勇者を探すラムネス達の前に、いき倒れ同然の獣人の少年ミト・ナットが現れた。ミトに食事を与え、仲良くなるラムネス。そんな時、邪霊騎士が出現し、ピンチに陥ってしまうラムネス達。そんな彼らをミトとお供のスケ・バーン、カク・レンボが操る神霊騎士グラフサンダーが救って…。
ドン・ジェノサイが考え出した次なる作戦は、二体の神霊騎士を同士打ちさせようというものだった。ダンディ達により、王冠型の洗脳装置をつけられたミトは、スケとカクを従えラムネス討伐に向かう。ミト達からグラフサンダーで攻撃されたラムネス達は、やむを得ずカイゼルファイヤーを呼び出すが、攻撃できず…。
氷の世界アンアンゾーンにやってきたラムネス達。そんな時、防御用のレーザーがつまらないギャグを狙い撃ちしてきた! ダ・サイダーはその格好のターゲットになってしまう。逃げまどう中で落とし穴に落ちたラムネス達は、地下のダンジョンへ…。しかも一人だけ深くに落ちてしまったラムネスが、そこで見つけたものは…。
ラムネスの見つけたカプセルから現れた少女ドラムは、アンドロイドだった。さらにチェロとトランペットという少女も覚醒し、彼にベッタリ。それがおもしろくないダ・サイダーと、鼻の下を伸ばすラムネスに怒ったパフェは、カカオを連れて出ていってしまう。だが、カカオはドラム達が第三の神霊騎士の鍵を握ると考えて…。
邪霊騎士からラムネスを守ろうとして、大きなダメージを負ったドラム。ラムネスは自分が舞い上がっていた結果と気づき、落ち込んでしまう。だが、ドラムは死んでいなかった。ドラム、チェロ、トランペットは三人で一人であるため、誰かが無事ならデータの修復は可能だというのだ。早速ドラムの再生作業が開始されるが…。
ドラムを無事に再生し、ウォーターバロンも復活させたラムネス達は、ハラハラゾーンに戻ってきた。大歓迎かと思いきや、勇者の信用は失墜し、街の人達から追い出されるラムネス達。だが実は街の人達はドン・ジェノサイに操られていたのだ。それを知らないラムネスとダ・サイダーは、互いが勇者失墜の原因だと罵りあい…。
ついに次元城に突入したラムネス達。長い通路を脱してドン・ジェノサイの元へと思いきや、そこは花畑。気勢をそがれた彼らの前に囚われているはずのレスカとココアが現れた。洗脳されていたココア達に襲われるラムネス達。だが、赤風達のおかげで窮地を脱したラムネス達は、ドン・ジェノサイの元へ乗り込むが…。
初代ラムネスの肉体を乗っとり復活したアブラーム。彼の名はブラック・ラムネス。だが彼は、ドン・ジェノサイを剣で刺してしまう。ラムネスとダ・サイダーは、カイゼルファイヤーでブラック・ラムネスに立ち向かうが、歯がたたない。その時、ラムネスのピンチを知ったウォーターバロンやグラフサンダーも駆けつけるが…。
暗黒空間に飲み込まれたラムネス達。そこはブラック・ラムネスの作り出したVSフィールドで、八つのフィールドを突破しなくては、彼のところにたどり着けないのだ。そして、ラムネス達の前にバージョンアップしたブラック・ダンディとブラック・リップ、さらにブラック・ラムネスの右腕であるBQが立ちはだかり…。
すべてが岩石でできたVSフィールドに転送されたラムネス達の前に、またもダンディ達が立ちふさがった。ダンディがメカから光線を大地にあてると、ぶきみな岩石人間が出現。ラムネスはそれを撃退するが、さらに岩石でできた蜘蛛のストーンデビルが現れて大苦戦。その時、キラキラ神霊界の大神官の声が聞こえてきて…。
カイゼルファイヤーが戦っていた黒霊騎士サバトには、恐ろしい武器が装備されていた。その口から発生する音波にさらされた人間は自分の精神的に弱い部分をつきつけられ、人格が崩壊してしまうのだ。敵の罠にはまり、心を閉ざしてしまうラムネス。彼を救うためにパフェとカカオは、サイコダイブで深層心理にたどり着くが…。
次なるVSフィールドは見渡す限りの電子の広野。だが、ここは世界そのものがRPG風のスゴロクだった。パフェとカカオを人質にとられたラムネスとダ・サイダーは、サイを振ってゴールを目指す。一定時間内にゴールしなければ、パフェ達は捕えられている檻の格子に絞め殺されてしまうのだ。だが、出る目は最悪で…。
ラムネス達は霧が立ちこめるVSフィールドへと転送された。だがそこには、BQ達が作ったメカ｢秘密ヘイキリ｣が待ちかまえていた。この霧を浴びた人間は互いに人格が入れ替わってしまうのだ。そうとは知らずに赤い霧を浴びて、人格が入れ替わってしまうラムネス達。彼らは、元に戻るために秘密ヘイキリを追って…。
新たなVSフィールドに転送されたラムネス達。どこからともなくシャボン玉が飛んできて、カカオを除く全員がその中に取り込まれてしまった。気がつくと、みんなは幼児の姿に! すると、目の前に遊園地が出現。遊園地のピエロから幽霊城にプリズムを置いてきて欲しいとたのまれたラムネス達は、それを引き受けるが…。
ラムネス達はダンジョンの広がるVSフィールドにバラバラに転送された。ダンジョンを進むラムネスとカカオは、熱血ブースターで外へ飛び出す。だがそこは雲の上で二人は嵐の海へまっ逆さま。なんとか近くの島へと泳ぎ着くが、ラムネスは風邪をひいてしまう。一方、ダ・サイダーとパフェはリップの挑戦を受けていて…。
最後のVSフィールドに辿り着いたラムネス達。だが、ふと気づいた時ラムネスは制服姿で通学路を走っていた。途中で制服姿のパフェと合流したラムネスは、違和感を感じながらも学校へ向かう。校門には制服姿のカカオが佇んでいた。そこへ放射される謎の怪光線。光線を浴びた途端、カカオはラムネスに迫り出して…。
時空の彼方へ飛ばされた3代目ラムネスの魂は時の流れを遡っていた。まず最初にたどり着いたのは5000年前のドキドキスペース。霧の中から現れた初代ラムネスと先代の｢聖なる三姉妹｣が出会った場面に立ちあう。その時、ラムネスは初代ラムネスと先代ミルクの傍らにたたずむ一人の美女の存在に気づくが…。
初代ラムネスをしたうオルガン・シンフォニーという女性に導かれ、遥か未来にある彼女の研究所にやってきたラムネス。オルガンが打倒アブラームのために築いた世界最後の砦は、崩壊寸前だった。そこで初めて聞かされるラムネス伝説のすべて。それを聞いたラムネスは、自分に課せられた運命の大きさを受け止めきれず…。
友を犠牲にして世界を救う!? ラムネスの剣を使うこと、それはすなわちミトとドラムを犠牲にすること。自分の力のなさに憤るラムネスは、とにかくアブラームを倒す意思だけを胸に次元城へと乗り込もうとする。しかし、なぞの光に包まれ、たどり着いた先は荒廃しきったキラキラ神霊界だった。そこにはダンディがいて…。
ブラック・ラムネスが極霊騎士ゴッドブラームでラムネス達の前に立ちはだかった。カイゼルファイブレードをもってしても、ゴッドブラームのバリアすら破れない…。絶望的な力の差は、カイゼルファイヤーを一瞬にして地面に叩きつける程だった! そんな中、ラムネスを想うパフェとカカオの叫びがこだまする…。
とうとう封印が解かれ、真の姿を現したアブラームの圧倒的な力に為すすべもないラムネス達。その時、ミトとドラムが現れた! ラムネスに未来を託すため、アブラームに挑み、散っていくミトとドラム…。そして、悲しみにくれるラムネスの前に光輝く剣が出現。果たして、ラムネスは運命の輪廻の鎖を断ち切れるのか!?
あの戦いから3年後、カカオは聖なる巫女、パフェは聖なる巫女見習いとして頑張っていた。そんな中、二人は大神官に命じられて4代目ラムネスを守るために旅立つのだが、たどり着いた先は宇宙戦争の真っ只中だった。
地球に墜落したパフェ、カカオ、レモンの三人は、まったりとお茶をすすりつつもイタコダウジングで敵の目的をつきとめた。しかし、敵の魔の手はすぐそこまで迫っている。その頃、パフェはお風呂を満喫していたわけで・・・
パフェとレモンが目覚めると、そこにカカオの姿は無かった。一方、四代目ラムネスのもとに向かったカカオは、｢自分は宇宙を救うために戦っている、力を貸せ。｣といわれるのだが・・・
捕らわれの身となったカカオを救出すべく、敵の宇宙船に潜入したパフェとレモン。しかしその頃、カカオは四代目ラムネスに襲われようとしていた。聖なる巫女に対し、異常なまでの執着を見せる四代目ラムネス。はたして四代目ラムネスの正体とは。
ウォッカーより明かされた衝撃の真実、四代目ラムネスは作り上げられた真赤なニセモノだった。ラムファードを止めにいこうとした矢先、ラムファードに心酔するエレクトーンが立ちはだかる。
ラムファードは死んだ。だが、伝説の騎士の暴走は止まらず、宇宙は破滅へと加速していく。暴走を止められるのは真の勇者しかいない。勇者よ今こそ目を覚ませ!