In 1999, an alien ship crashes on South Atalia Island. Humans then know that they are not alone in space. Ten years later the ship has been rebuilt and named the SDF-1 Macross. However, on the day of its take off, a species called the Zentraedi arrive at Earth, beginning the UN Spacy vs. Zentraedi war that forever change the history of these two species.
After being threatened by extinction at the hands of alien invaders called the Zentradi, humanity undertook the task of guaranteeing itself a future by launching fleets of colony ships into space. On Macross Frontier, one such fleet, high school student Saotome Alto's life is changed forever: the fleet is suddenly attacked by unidentified creatures while he is performing aerial stunts for a concert by the wildly popular idol Sheryl. Alto quickly finds himself in the cockpit of a new-model fighter, struggling to protect Ranka Lee, a young girl he met only hours earlier, from the invaders' swath of destruction. Noting his performance during this incident, the S.M.S. Skull Squadron private military company invites Alto to join their organization, where he continues protecting his friends and Macross Frontier.
西暦2067年…銀河系辺境の星系を中心に、我を失い狂暴化し破壊の限りを尽くす”ヴァール”シンドロームが、拡大しようとしていた。 事態を重く見た星間複合企業体は、その症状を鎮静化するため、少女たちによる”戦術音楽ユニット『ワルキューレ』”と、共同作戦を遂行する”バルキリー部隊”を結成。 一方、”風の王国”の”空中騎士団”と呼ばれる”謎のバルキリー部隊”が動き始める。”プロトカルチャーの遺産”の謎が絡みあい、星系を超えう熱き恋と友情の物語が幕を上げる。
コンピューターが生み出した、ヴァーチャルアイドル・シャロン。彼女の奏でる甘い歌声に人々が酔いしれる中、惑星エデンでは、次期主力戦闘機の最終選定試験が実施されていた。そのテストパイロットに選抜されたイサムとガルドはなぜか憎しみをぶつけ合い、ふたりの間で揺れる女性・ミュンを激しく動揺させる。果たして、かつて親友だったこの３人の間に何があったのか？そしてシャロンがそんな彼らの想いを取り込んだとき……!!
マクロスシリーズ生誕20周年記念として制作されたのが本作である。地球が異星人ゼントラーディとの戦争（第一次星間大戦）に巻き込まれる7か月前、2008年の南海の孤島マヤンを舞台に、現代文明と伝統文明の相克、人類創生の秘密が描かれる。 1999年7月、後にマクロスと名づけられる異星人の宇宙戦艦が地球へ落下した。この艦よりもたらされた様々なオーバーテクノロジーの奪い合いに端を発する争いは、やがて統合戦争と呼ばれる世界大戦に発展する。 戦争末期の2008年。統合軍パイロットの工藤シンは、反統合同盟軍の可変戦闘機SV-51に乗機を撃墜され、今なお伝説が生きる南海の孤島マヤン島に流れ着く。そこで彼は島の巫女サラ・ノームとその妹マオ・ノームと出会った。一方、落下した宇宙戦艦と同様のエイリアン反応を示す物体がマヤン島付近の海底に沈んでいることが判明し、統合軍と反統合同盟軍は新型可変戦闘機VF-0 フェニックスとSV-51を配備した回収部隊を派遣する。マヤン島を舞台に戦争が始まり、伝説に謡われた「鳥の人」が目覚めて「滅びの歌」を唄う時、世界は破滅の淵を覗うことになる。
西暦2045年。リン．ミンメイの歌により宇宙戦争を終結させてから35年の時が流れた。 新マクロス級の7番艦(マクロス7)は移民惑星を求め、7年前地球を旅立ち宇宙旅行を続ける。その船団内では100万人の人々が平和に暮らしていた。しかし、そんなある日、突如としてマクロス艦の前衛艦が奇襲を受ける。 一方、マクロス．シティ内の公園に設置された野外ステージでは、ロックバンドのライブが行われていた。そのグルーブの名は「ファイアー．ボンバー」。 ボーカル＆ギターは破天荒で情熱的な熱気バサラ。ボーカル＆ベースはマックスとミリアの7番目の娘、ミレーヌ。キーボード＆リーダーに飄々としたレイ。ドラムに寡黙なゼントラン女性、ビヒーダ。 ライブが盛り上がりを見せた最中、敵の戦闘部隊がマクロス本艦にまで攻め込んできた。果たしてなぞの船団の目的は、そして正体は？！ 100万の市民の運命を載せ巨大戦艦マクロスは、やがて恐るべき戦いの渦に呑み込まれてゆく……。
地球人とゼントラーディ軍ボドル基幹艦隊との決戦後、和解した地球人とゼントラーディ人は共存の道を歩み始めた。それからも地球は幾度と無く異星人の脅威にさらされたが、そのたびに可変戦闘機と歌の力で切り抜けてきた。そして、80年の月日が流れた。 2090年代。太陽系の木星軌道上へ、異星人とおぼしき未確認艦隊がデフォールドしてくる。地球統合軍は敵をはぐれゼントラーディ艦隊と認識し、歌によるカルチャーショックを与えるべく「オペレーションミンメイ（「ミンメイディフェンス」）で迎え撃つ。それは序盤こそ効果を発揮したが、途中から敵艦隊からも歌が発せられたため、形勢は逆転していく。まもなく、激しさを増した敵の攻撃によってミンメイディフェンスを崩された統合軍は敗北してしまった。 その戦場を取材中だったTVレポーターの神崎ヒビキは、統合軍の攻撃で轟沈寸前となっていた敵艦内から歌巫女のイシュタルを救出し、地球へ連れて帰る。また、ヒビキは戦場の記録映像も持ち帰ったが、統合軍の検閲によって統合軍が勝利したかのように報道されてしまう。その後、イシュタルは地球の郊外にそびえ立つマクロスのことを伝説に残る「アルスの船」ではないかと考えるが、敵の戦艦に捕らわれたヒビキは新たな敵「マルドゥーク軍」が戦いの歌でゼントラーディ兵を服従させてきた異星人だったことを知る。ヒビキが統合軍の女性パイロットのシルビー・ジーナとともに奔走する一方、地球の文化に触れたイシュタルは戦いを止めるべく、戦場へ愛の歌を捧げるのだった。