Conan, Ran und Mori haben in einem Gewinnspiel eine Kurzreise mit einem Kreuzfahrtschiff gewonnen, an der nur 11 Passagiere teilnehmen. Auf der Passagierliste steht auch der legendäre Räuber Seizo Kano.
Part 1: Kana Amusement group is putting out a new CD for pianist Tenma Gerald and is holding a party for the release of the CD. However, the wife of the company president, Kana Yoshinori, has been receiving some threatening letters and crank phone calls. Whoever is sending the letters is aware of the party which is to be a private affair. Who could be responsible for these cranks and why are they threatening Kana Misaki?
It's up to Conan, with Mouri Kogorou and Ran in tow to solve the mystery at hand. Posing as the Yoshinori's childhood friends, the three pose as the Morita family in order to hide their true identity. Afterall, it wouldn't do to know that the famous detective Mouri Kogorou were present at a contract signing party. At the party, we are introduced to the company heads of Kana Amusement Group who, despite being related, seem at times to barely be civil with each other.
Il y a 20 ans, un groupe de braqueurs ont commis des larcins pour plus de 400 M de Yens. Mais lors de leur ultime vol, une employée de banque a été tuée. Le leader du groupe a voulu se dénoncer, mais ses partenaires l'ont tué pour se protéger.
Conan résout une énigme dans un journal. Le prix est un voyage en croisière mais10 invités seulement sont autorisés à monter. A bord du bateau, plusieurs meurtres se produisent. Il semblerait également que ces meurtres soient liés à l'affaire des braqueurs, qui a eu lieu 20 ans auparavant.
Kogoro, Ran e Conan vincono il biglietto per una mini-crociera nei mari di Tokyo. Fra gli altri vincitori ci sono anche un ispettore in pensione amico di Kogoro ed Heiji Hattori, ma non c'è nessuna traccia dell'organizzatore della crociera.
Heiji, Conan, Ran y Kogoro se ven envueltos en un caso que ocurrió hace 20 años, la misma noche en que el caso se cierra. Ocurre un asesinato y Heiji y Conan comenzarán a investigar. Además de esto, Conan se dará cuenta de algo muy importante en un futuro.
因为柯南猜对了海豚旅行团所出的谜题，于是，为三人赢得了一次免费乘坐交响乐号去小笠原的机会，能登上这艘船的只有十名乘客，在登记途中，小五郎碰见了老警察鲛崎，但听乘务员说这艘船上还有第三名侦探，小兰和柯南也无意中发现了这次活动的组织古川，夜晚，大家聚在一起讨论此次前来的乘客，当听到叶才三这个名字时，每个人都面露惊讶之色。
原来这个叫叶才三的人，就是二十年前「四亿元强盗杀人案」的主谋，鲛崎和小武郎急忙赶到叶才三所在的101号房却发现屋内空无一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交响乐号也没有发现叶才三的身影，如果挨过今晚，法律将不再追诉他们二十年前所犯下的罪行，叶才三和他的同伙也将恢复自由之身。十二点之后，甲板上传出枪声旗子也被人点燃，柯南发现了一张写有奇怪语句的纸钞，这时，船尾发生爆炸，而在这熊熊大火之中，隐约可见一具尸体。
尸体被烧焦，根本无法辨识他的身份，只能从穿着姑且判断是蟹江，柯南发现这具尸体整过容，并推断出龟田和鲸井也是叶才三抢劫杀人案的同伙，当大伙赶到龟田的房间时，却发现他也消失不见了，柯南和服部推理出现分歧两人决定各自行动，可在调查期间服部遭遇危险，没过一会儿，甲板上再次响起枪声，心虚的鲸井决定交代一切，这时，鲸井突然被不明人士射伤，鲛崎赶到甲板时却看到……
在甲板船头的尸体不是别人，正是让大家误认为已经死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外围发现绳索梯子，这说明蟹江一直藏身于此伺机而动，并且柯南还在船头栏杆上发现了剥落的油漆和烧焦的痕迹，将所有的线索串联起来，凶手渐渐浮出水面，这时，柯南接到一通电话，原本很担心平次的他却突然对小兰调侃起了服部，服部是否真的平安？这件与二十年前案件相关的凶案真相到底是什么？
