魔法学校を卒業し、立派な魔法使い、マギステル・マギになるため日本へ修行にやってきたネギ・スプリングフィールド。彼は麻帆良学園の教師として、新しく輝かしい第一歩を踏み出す……はずが、赴任早々、大きな失敗をしてしまう。登校中、バスにはねられそうになった子犬を助けるため空を飛んだネギだったが、その現場を、自分が担当する３年Ａ組の生徒の一人・神楽坂明日菜に見られてしまったのだ。自分が魔法使いであることは、秘密にしていなければならない。ネギは、とっさに明日菜の記憶を飛ばそうとする。しかし、実際に飛んだのは記憶ではなく、明日菜の服や下着だった……。
明日菜の幼馴染みで、クラスの委員長を務める雪広あやか。彼女はある日、なぜか物思いにふけっていた。そんなあやかに食ってかかるのは、ほかでもない明日菜。２人の間には、昔も今も言い争いが絶えなかった。そんな彼女たちを止めようと割って入ったネギは、健全に決着をつけてもらおうと、ドッジボール勝負を提案する。ほかの生徒たちも参加すれば、クラスの団結力も高まるし名案だ……と思いきや、３年Ａ組の生徒たちは例外だった……。
出席番号25番の長谷川千雨は、10歳の教師や、同級生にロボットがいるなど、そのありえない状態を「普通の学校じゃない」と感じ、いら立ちが募っていた。しかし千雨も自分の部屋に帰ればネット界を牛耳るスーパーハッカーにしてNo.1ネットアイドル「ちう」としてうっぷんを晴らしていたのだった。ある日千雨はその秘密をネギに見られてしまって…。
出席番号13番の近衛木乃香は、学園長の孫でお嬢さま。そんな彼女がある日、父からお見合いの話をもちかけられる。近衛家に代々仕える桜咲家の刹那は気が気ではない様子。お見合いを嫌がる木乃香を見て、ネギと刹那はお見合いを阻止することに…。
出席番号３番の朝倉和美は、報道部に所属し、日夜スクープを狙っていた。だが、プライベートを無視した彼女の記事に、生徒たちから非難の声が上がってしまう。ある日和美は偶然にネギが魔法を使ったところを目撃する。久々の大スクープの予感にネギの密着取材をすることに…。
突如、Ａ組の教室でポルターガイスト現象が発生。明日菜たちは、学園で噂になっている幽霊のしわざだと噂をしている。一方ネギは出席番号１番で長期欠席をしている相坂さよのことが気になっていた。頻繁に教室で起きるポルターガイスト現象にネギが魔法をかけると窓際の一番前の席に人影が見える。その人影は怯えている相坂さよの姿だった…。
今日も校内を散歩している散歩部の楓と鳴滝風香・史伽姉妹。普段は目的など決めずに散歩をするのだが、今日は忍術修行を兼ねた散歩にしようと楓が提案する。その修行とはモノが発している声、「モノゴコロ」を聞くことだと言う。３人が集中して聞き耳を立てると風に乗って声が聞こえてきた。声の主を探して歩いていくとあるゴミ捨て場に辿りついて…。
学生寮のテーブルで居眠りをしていた宮崎のどかは夢を見ていた。それは担任であるネギとキスをする夢だった。ファンタジー小説を読んでいたからそんな夢を見たんだと思うが、その夢が頭から離れない。一方、テストの採点をしているネギをよそに明日菜と木乃香は新しい占いを試している。その占いでネギと運命の糸で結ばれているのは前髪を下ろして本が大好きで…とまるでのどかのことであるような結果が出る。翌日からののどかとネギはお互いに意識してしまって…。
ある日麻帆良学園の廊下に追試の貼り紙が貼り出された。該当者は綾瀬夕映、神楽坂明日菜、古菲、佐々木まき絵、長瀬楓の５人。いわゆる麻帆良学園３−Ａの「バカレンジャー」と呼ばれる５人だった。しかも風の噂で今回の追試の成績が悪いと担任のネギが首になってしまうという。かくして土曜日の追試に向けたバカレンジャー５人の居残り特訓が始まった…。
休日に二度寝をしていた明日菜はクラスメイトの刹那にたたき起こされる。目を覚ますとルームメイトの木乃香は既に起きて出かけてしまっていた。刹那は木乃香の行き先を尋ねるが、誰かと買い物にでも行ったのではと明日菜は取り合わない。刹那はあらぬ妄想をしはじめ、異常なほどに心配する。見かねた明日菜は刹那を連れて木乃香が行きそうな街に探しに行くことに。しかし二人が目にしたのはお茶を飲みながら楽しげに話す木乃香とネギの姿だった…。
満月の夜にひとりで新体操の居残り特訓をしていた佐々木まき絵が何者かに襲われた。悲鳴を聞いたネギが駆けつけた時には何者かは去った後で、気絶したまき絵の首筋には歯形がついていた。そこへまた数人の悲鳴が響き渡る。ネギと明日菜が駆けつけると、そこにはアキラ、桜子、そして史伽と風香がまき絵と同じように首筋に歯形を傷跡を残し倒れていたのだった。ネギが気配に振り向くと、ベランダから逆さまにぶら下がっている人影が…。それは大人の姿をしたエヴァンジェリンだった…。
ネギはエヴァンジェリンの家を訪れる。「コワカワイイ」グッズに囲まれているエヴァの部屋にたじろぐネギ。部屋の中央の棺桶の中でネグリジェ姿のエヴァが眠っていた。ネギはエヴァが知っている自分の父親・サウザンドマスターとの記憶を知るために、眠っているエヴァの夢を覗き見る魔法をかける。そこに写ったのは魔法の力で何者かと戦いつづけるエヴァの姿。そして、戦いの中崖から落ちそうになったエヴァを間一髪助けたネギの父サウザンドマスターと呼ばれるナギ・スプリングフィールドの姿だった…。
麻帆良学園の裏の名物・進路指導室。進路指導の教師・源しずなの存在もあり、学園の生徒の憩いの場となっている。教師であるネギ・スプリングフィールドも頻繁に進路指導室を訪れる。しずなの用意するホットミルクを飲みながらネギや生徒たちは悩みをしずなに聞いてもらうのだ。その意味ではある意味麻帆良学園の事情に一番詳しいのはしずななのかもしれない…。
一人前の魔法使いになるために神楽坂明日菜とパートナー契約をしたネギ・スプリングフィールド。しかしカモはパートナーは多ければ多いほど良いと言う。生徒の中から更なるパートナー候補を探すために水着コンテストを開催することを提案するカモだったが、その話を明日菜が聞いていたために…。話は二転三転し本当に麻帆良学園３−Ａにて水着コンテストが開催されることになるのだが…。
３−Ａの生徒四葉五月と超鈴音は料理が得意。今日も通学路にある公園で「超包子」の屋台を出して新作肉まんをみんなに振舞っていた。明日菜と木乃香が屋台からの悲鳴を聞いて駆けつけると、ジャージを着た怪しい男がみんなから肉まんを奪って逃げ去るところだった。突然のことに全員があっけに取られる。翌日、ひょんなことからその怪しい男がプロレスラーの金剛地力也だということに気付いた明日菜たちは…。
麻帆良学園３年１組の生徒、絡繰茶々丸（からくりちゃちゃまる）はクラスメイトの聡美が作り出したロボットである。普段は冷静沈着な機械である茶々丸だったが、その記憶回路にはこれまでクラスで悪戦苦闘していたネギの姿が蓄積されていた。「人間でも機械でも大事な生徒ですから」と言うネギを茶々丸は直視できず、ついにはその場から逃げ出してしまった。茶々丸の異変に気付いた聡美は、一度茶々丸のシステムを初期化することを提案する。それはこれまでの記憶回路を一旦消し去ることを意味していた…。
普段からぼんやりしていることが多く、クラスのみんなからもワンテンポ遅れることが多い佐々木まき絵。今日もクラスの話し合いの最中に話も聞かずに挙手をしたら「文化祭クラス対抗ダンス」の責任者に決まってしまった。まき絵には責任が重いと主張するクラス委員長のあやかだったが、新体操部の彼女には適任だという声がちょっとうれしいまき絵だった。まき絵のダンス指導を見学するネギ。まき絵はネギにいいところを見せたくて頑張るのだが…。
誰もいない校庭、誰もいない校舎。ネギ・スプリングフィールドも３−Ａの生徒たちも帰りのホームルーム後の学園の異変に気がついているようだ。ネギは必死に何者かの気配を感じ取ろうとしている。下校しようとした夏美と千鶴が正門を出たところで見えない壁にはじかれてしまい外に出られない。麻帆良学園はネギと３−Ａの生徒を残し、結界を張られてしまったのだ…。
麻帆良学園はネギと３−Aの生徒だけを残し結界を張られて外に出られなくなってしまった。魔力を封じられたネギは図書館で魔法書を探し結界のことを調べようとしているがなかなか有益な情報には辿り着けない。生徒たちを助けられないネギは弱気になる。一方、自習中の生徒たちは結界の壁がどこまで広がっているのか、広い学園の中の探索を始める…。
いなくなってしまったネギや生徒たちを心配する学園長の近右衛門や高畑たち。どうやらネギたちは別空間に閉じ込められてしまったようである。自分の非力を嘆く高畑。すると、呼びかける女の子の声とともに学園長室の壁からスカートに包まれた足が突き出てくる。高畑たちがその足を引っ張り出すと、３−A生徒のひとり・相坂さよだった。さよはひとりだけ闇の狭間に飛ばされてしまったのだという。
教え子であるネギのピンチにメルディアナ魔法学校の校長が麻帆良学園にやってきた。校長は魔法の力で実体のない幽霊である相坂さよをネギたちがいる世界に送り出す。別空間に広がった魔法陣の光の中から現われたさよは、ネギに校長から託された魔力を取り戻す呪文を伝える。また、恐らくこの事態を引き起こしたのは３−Aのクラスに存在する悪意の存在なのだということも…。
さよのおかげでようやく消えたクラスメイトの存在に気付くネギたち。パクティオーをしたネギとのどかは魔法書を必死に調べているのだが体力の限界である。教室で休んでいた風香は誰かを追いかける夢を見る。その夢に動かされるように校舎の外へ出て行った風香は校門でバリアに弾き飛ばされて気を失ってしまった。学校を覆うバリアは更に強い力を持ち始めていた…。
ついに世界樹の力を解除する呪文を見つけたネギ。しかしネギは生徒たちに何も伝えずにひとりで世界樹に向かって行ってしまった。残された生徒たちは超鈴音が作った中華スープで食事を取る。みな最後の晩餐になるかもしれない不安を隠せずにいる中、こうなったのはそもそもネギのせいだと超が主張しはじめる…
超鈴音によって消されていたクラスメイトとの想い出を蘇らせた明日菜たちはネギのやさしさをも想い出し、世界樹に向かったネギを救出するために立ち上がった。のどかの持つ魔法の絵日記本によるとネギの体のクリスタル化は進行しており、タイムリミットが近いことを知る。一方、現実世界の学園長室でも別次元を創り出したのは超であると目星をつけていた。超は時空移動してこの世界にやって来た未来の少女だと学園長は言うのだが…。
明日菜を先頭に世界樹に向かう生徒たち。それを超鈴音は陰から虎視眈々と窺っていた。超はカシオペアの力を使い生徒たちそれぞれのトラウマ世界に引きずり込みフリーズさせていく。次々とフリーズして動けなくなる生徒たち。明日菜は自分のトラウマ世界で仲間たちがフリーズしているのを見てまたひとりだけ取り残されるのではないかという恐怖に襲われる。しかし、そこに消されたはずのさよが現われる。さよは明日菜には魔法を無効化する力があると告げる…。