舞台は近未来。続発するレイバー犯罪に対抗するために、警視庁はパトロール・レイバー隊を設立。高校を卒業したばかりの新米警官・泉野明は、レイバーの操縦担当を任される。彼女の前には如何なる難事件が待ち受けているのだろうか!?
ニューヨーク市長を護衛する第二小隊。しかし、厳重な警備をかいくぐり、テロリストの時限式ランチャーが市長を狙う。解体を任された遊馬の、イチかバチかの大バクチ=ロングショットがはじまった!
待ってましたの怪獣退治!東京湾に謎の巨大生物出現。マッドサイエンティスト、平田博士が生み出したモンスターがレイバーに迫る!レイバー隊VSモンスター、決戦の時は近い!!
再訓練を命じられた野明たちが富士の隊員養成所で体験した不思議な出来事とは?少女の幽霊、闇の中を彷徨うレイバーの亡霊…。いったい、ここで何が起きたというのか!?
冬期休暇を迎えた特車隊。しかし、庁舎の周囲には不穏な人影が…。折しも、東北縦貫道でレイバー犯罪発生!恐るべきクーデター計画が日本を、そして特車隊に襲いかかろうとしていた。
クーデター勃発!甲斐の率いる反乱軍が東京の中枢を支配した。核ミサイルを武器に日本支配を謀る反乱軍に、後藤隊長率いる特車二課は奇襲作戦をしかける。日本の運命をかけた戦いの火蓋が切って落とされる!
市制施行100周年記念行事の一環として高崎市を訪れていた第２小隊に、緊急連絡が届いた。テロリストによって盗難中のSEEのコンテナが、さらに何者かによってトレーラーごと二重盗難され、関越自動車道を北上中だというのである。 コンテナの中身が気にかかる隊員たち。後藤隊長は何かイヤな勘が働いていた。 体制を整え、トレイラーを待ち受ける第２小隊。だが、野明がその操縦席に見たものは、とても悪人には見えない中年男だけであった。一瞬、躊躇する野明。しかし、そのとき突如として荷台のコンテナから１台のレイバーが出現する。＜TYPE7 ブロッケン＞、SEE製の純然たる軍用品である。予想外のことに、連携を乱してしまう野明と太田。トレーラーはその虚を突き、逃走した。 第２小隊には、協力を申し出てきたSEEと連携作戦をとるようにと海法部長からの命が下る。ところが南雲から情報を得ていた後藤は、SEEの行動を密輸入の証拠隠滅と看破する。 一方、共産圏への＜ブロッケン＞密売を企んでいたテロリストの一味である森友が、トレイラーを待機していた。ところが、森友が見たトレーラーの運転手は、見たこともない中年男。この男は一体何者なのか？ 再度、待ち伏せを仕掛ける、第２小隊とSEEのレイバー＜グラウ・ベア＞。作戦は見事に的中し、トレーラーは横転。負傷した森友は、中年男に目的地の新潟へ〈ブロッケン〉の輸送を託すのだが、男は森友の願いも無視する勢いでどこかへ向かおうとしている。実はこの男、妻が産気づいたため、急いで故郷に帰らねばならなくなり、目前にあったトレーラーをつい借用してしまっただけなのだ。 それを知り、すべてをテロリストの責任にしてしまう後藤。南雲はそんな彼の行動を非難するが、最後には「自分は何も見なかった」と言って去って行くのであった。
汎用人間型機械“レイバー”があらゆる分野で活躍している近未来。警視庁は特殊車両二課、通称“パトレイバー”を新設し、続発するレイバー犯罪に対抗していた。ある日、太田巡査と遊馬は、新型レイバー“イングラム”を見に行く途中、若い婦警、泉野明に出会う。
養成学校にて“イングラム”の研修を受けていた第二小隊の隊員たち。中でも野明は、最終日の模擬戦によって今後の配置が決まると聞いた途端、鼻息を荒くする。第一小隊の五味丘、ニューヨーク市警からやってきた香貫花らが立ちはだかる中、果たして野明はパイロットの座を勝ち取れるだろうか!?
特車二課が置かれているのは、人跡未踏の埋立地。故に、特車二課の隊員たちは、整備班の高速艇を漁船にして食糧難を解決していた。しかし、高速艇が漁の帰りに座礁、加えて太田が二号機の操縦をミスし、二重遭難してしまう。整備班長・榊に知られる前に何とかしなくては!
なぎ倒された木々と、激しく破損した“クラブマン”。そして、森にこだまする不気味な唸り声。通報を受けた第二小隊は、怪獣退治と色めき、早速捜索を開始。山林へと分け入るが、見つけ出した声の主の傍らには、思いがけないものが待ち受けていた!
試作戦闘用レイバー“HAL-X10”が、評価試験中に暴走を始めてしまった!事態を極秘裡に処理すべく、尻拭い役が第二小隊に回ってきたが、重装備の軍用レイバーに正面から向かっても勝てるはずはない。果たして第二小隊は暴走を止めることができるだろうか!?
建設中の都市型高層建築物タワーシティで、大規模な火災が発生。加えて、視察中の某国外相一行が地上200メートルの地点に閉じこめられてしまう!救助命令を受けた第二小隊は、屋上に設置されているクレーンからイングラムを釣り降ろす作戦に出るが・・・。
旧式レイバー“97式パイソン改”で、レイバー犯罪に挑み続ける第一小隊に、最新鋭のレイバー“SRX-70”の試験導入が舞い込んできた。しかし、この試験導入の背後には、軍需産業で有名な外資系企業、シャフト・エンタープライズ・ファーイーストの影が潜んでいた・・・!
渋滞解消の切り札、首都環状二十号線の建設現場が破壊された。調査に乗り出した野明たちは、東京近郊の鬼降村に向かうが、そこは古くから伝わる鬼伝説の舞台だった。これは本当に祟りなのか?捜査を進めていく内、野明達は意外な真相にたどり着く!
第二小隊に舞い込んだ依頼、それは、テロリスト・犬走一直によるソビエト軍最新鋭レイバー“ドシュカ”奪取の阻止だった。野明と遊馬は”ドシュカ”が隠されているという酒田に向かうが、その裏ではレイバー奪取を陽動にして、ソビエト高級将校の亡命が行われようとしていた!!
50年のクリスマスを探しに行く―クリスマス・イヴの夕刻、香貫花の祖母レイは、そうメッセージを残して姿を消した。一方、東京テレポートでは、すべての通信、交通が遮断され、調査に向かった第一小隊までも音信不通となってしまった。東京テレポートに何が起こったのか!?そしてレイに隠された秘密とは?
謎に包まれた敵レイバー“ファントム”の電磁波を正面から浴び、作動不能に陥る二号機。野明は一号機で奮闘するが、圧倒的な戦力差に苦戦、退却を強いられる。一方、松井と進士は米軍立川基地の跡地でレイを発見、彼女の口から“50年のクリスマス”の真相を聞くこととなる。
“燃える正義の射撃バカ”、太田に見合い話が舞い込んだ。しかも相手は美人で良家のお嬢様!張り切って見合いに臨んだ太田は緊張のあまりドジを重ねるが、意外にもデートに誘われる。浮かれる太田を前に、仰天する第二小隊と整備班の面々。果たして太田に春が訪れるのだろうか!?
中東の産油国・オアシスより、レイバーマニアの皇太子、ウル王子殿下がお忍びで来日する。第二小隊に体験入隊した殿下はイングラムを操縦して大はしゃぎ。しかし、盗難されていたレイバー“ブロッケン”が出現、殿下の身代わりを狙っているとの情報が入る!殿下を巻き込んだテロリスト退治が始まった!!
つまらない事件で大損害を出してしまったせいで、香貫花と野明が大激突する!隊の人間関係に問題あり!と南雲の説教をくらった後藤は、若い隊員たちを日本の伝統的トラブル解決法“屋台酒”へと誘う。果たして香貫花と野明は無事、和解することができるだろうか?
ある日、東京湾に一頭のザトウクジラが迷いこみ、第二小隊が野次馬整理のために動員された。汚れきった東京湾の水の中では、クジラはとても生きていけない。試行錯誤の末、山崎のアイディアでクジラは湾外に出たかに見えたが、なぜか再び戻ってきてしまう・・・。
札幌の雪祭りの設営協力に駆り出され、はるばる北海道に来た野明たちは、レイバー嫌いの少年・サトルと出会う。そんな折、過激環境保護組織・地球防衛軍の下部組織による爆弾テロが予告された!野明達は雪像に仕掛けられた爆弾を回収できるだろうか!?
後藤隊長の身辺を騒がせる、何者かによる怨念がらみのイタズラ。隊員たちは後藤の過去に興味を持ち始めるが、何を試してもはぐらかされるばかり。野明と香貫花で尾行してもあっさり見つかってしまう。後藤隊長を付け狙う者の正体とは?そしてその目的とは一体なんだろうか!?
第二小隊に、国民的アイドル“妹にしたいタレントNo.1”の松本加奈が一週間だけ訓練にやってきた。大ファンの太田をはじめ、熱狂的な歓迎ぶりを示す男子隊員に対し、野明はアルフォンスを転倒させられカンカン!それなのに加奈はどなりつけられた野明になついてしまい・・・。
直径40キロにも及ぶ建設中の巨大地下都市、“東京ジオシティ”で爆弾テロが発生、犯人が残りの爆弾を抱え最下層に籠城した。後藤は、香貫花の二号機と野明の一号機に進入を命じるが、そこでふたりを待ち受けていたのは、かつて“竜神”と呼ばれた奇怪な巨大生物だった!!
ひょんなことから野明と遊馬が仲違いを始めてしまった矢先、陸自レイバーが正体不明のレイバーに破壊された。東京テレポートに現れた“ファントム”らしいとの情報を受け、第二小隊は伊豆大島へと向かうが、そこに遊馬の姿はなかった。仲直りできずに別れていく野明と遊馬を待つ運命とは!?
海底から大島に再上陸し、海岸警備を突破して内陸に移動する“ファントム”。自衛隊と第二小隊による追撃が始まるが、不破の率いる空挺レイバー小隊も太田の操縦する二号機も返り討ちにあう。“ファントム”に追い詰められた絶体絶命の野明!その時、野明の前に現れたのは・・・!?
レイバーの安全運転の講習会に駆りだされた特車二課の前に、レイバーコレクターの極道の親分が現れた。彼のレイバーの初期設定を手伝ったことから、やたら組長になつかれてしまった野明。しかし、これはレイバーまでも動員した、仁義なき抗争の序章に過ぎなかった・・・。
香貫花に内緒で送別会の準備をするべく、自宅に忍び込んだ第二小隊の面々は、香貫花がニューヨーク市警へ提出するためのレポートを見つけた。彼女がつけた小隊メンバーの評価に興味津々の隊員達は、いけないと知りつつも、ついページをめくってしまう・・・。
帰国の日を迎えた香貫花を見送る第二小隊。しかし、香貫花が搭乗した飛行機が離陸直前にハイジャック!犯人らは、かつて第二小隊に逮捕されたテロリスト、犬走一直の解放を要求する。機内の香貫花と機外の第二小隊は、事件解決を目指して最後の共同作戦を開始する!
太田の二号機を指揮するようになった進士は、胃痛に悩まされる日々を送る。自信を失っていた矢先、進士はヘッドハンティングによる転職の誘いを受ける。高待遇、自分を評価してくれる人間、そして愛すべき妻・・・。果たして進士が選ぶ道とは?
第二小隊に新たに配属された熊耳武緒は、容姿端麗、頭脳明晰、運動神経抜群の優等生。彼女に対しコンプレックスを抱く野明。そんな中、第二小隊に出動命令が下る。しかも熊耳が二号機を指揮することに・・・。野明は、無事任務を果たせるか?
特殊な状況下での作戦や災害救助の参考にもなると、老朽化した倒壊寸前のビルを訪れた第二小隊。そこは時代を超えて忌わしい事件が多発する、いわくつきの場所だった。隊員達が感じる薄気味悪さ、続発する怪奇現象は、本物の幽霊による仕業なのか?
休日のデート(?)でゲームセンターを訪れた野明と遊馬は、怪しい二人組みに遭遇する。見事なゲームテクニックを披露する陽気な中年、内海と無邪気な少年バドの二人組み。果たして彼らは何者なのか!?そして第二小隊に陰謀が忍び寄る!
食事、それは生命の維持に必要不可欠な行為。陸の孤島に存在するため、特車二課の食糧事情は困窮を極めた。食糧のライフラインに些細な綻びが生じたとき、彼らの日常は容易に崩壊を始める。食べるという行為への執着が生んだ悲劇と喜劇の物語。
小笠原で訓練していた自衛隊レイバー部隊が、謎の黒いレイバーにより全滅。何者の仕業か?一方、上層部が進める廉価版レイバー導入計画に納得できない特車二課の面々。そして舞台は東京国際レイバーショウへ…。最強の敵“グリフォン”が遂に現れる!!
第二小隊が警備する国際レイバーショウには、警察上層部が次期機種候補と考える篠原重工“AVS-98 エコノミー”も出展されていた。ショウ終了後に“AVS-98”を試乗する遊馬は、“グリフォン”の奇襲を受ける!その圧倒的かつ脅威的な戦闘能力が野明たちに襲いかかる!!
国際レイバーショウを舞台としたグリフォンの奇襲攻撃により、深刻なダメージを負った第二小隊。そこに、“グリフォン”らしき機体が千葉に墜落したとの報告が入るが、その背後では内海率いる企画七課が暗躍していた。一方、苦しい状況の第二小隊に、アメリカから頼もしい助っ人が参入する。
シャフト・エンタープライズの専務、徳永は、企画七課の内海と“グリフォン”の保護をお抱えの警備組織、“SSS”に命じる。その手を逃れて海路から東京を目指す内海と“グリフォン”は、東京港大突堤、通称“バビロンの城門”にてSSSのレイバーと対決!その報を受け、第二小隊が出動する!
“バビロンの城門”では“グリフォン”と“イングラム”、そしてSSSのレイバー隊との混戦が続いていた。SSSの爆弾によりダメージを受ける“グリフォン”と“イングラム”。失神する野明に迫るバドが操る“グリフォン”。戦いの結末は如何に!?
メインモニターが故障した野明の“イングラム”だが、太田とひろみの援護もあってバドの“グリフォン”と真っ向から殴り合う!遂に内海はバドに撤退を指示。そして、SSSのトップも内海の処遇について判断を下す。これで一件落着となるか…。
“グリフォン”との死闘を終え、第二小隊はレイバー隊員研修学校にて訓練を受けていた。達成感を得ぬまま“グリフォン”事件の終結を迎えた野明は、自分のポジションや能力に思い悩む。そのモヤモヤを晴らそうと、夜間の買出しに出掛けた野明だが…。
街を壊して車両を破壊する、悪評高き第二小隊。その補償に絡んで、ついに保険会社から調査員が派遣される。戦々恐々とする隊員たち。“保険”をキーワードに、特車二課の存在と役割が改めて見つめ直される。
特車二課の“食糧事情”を起点にして描かれる彼らの日常における闘争。今度の舞台は地下ダンジョン!食料盗難事件の犯人を追って地下に下りた進士と太田から連絡が途絶えた!残りの隊員たちもパーティーを編成し、いざ魔の空間へ!
特車二課へ導入が検討される新型レイバー“AVS-98 MARKII”のテストに参加する野明、太田、第一小隊の五味丘。太田や五味丘の評価は好評の新型機だが、野明だけは異なる評価を下す。そして遂に、野明が操縦する“イングラム”との模擬格闘戦が行われることになるが…。
真夏の盛り、第二小隊は海岸地域の警備に出動していた。遥か古代に絶滅したはずの首長竜プレシオサウルスらしき海獣により、漁船が沈められたというのだ。漁師達が語る沖合いの御神体と、海獣“プレッシー”。何かを確信する後藤。果たして海獣の正体とは!?
バビロン・プロジェクト・ディベロッパー・コンベンションが開かれている会場爆破を狙うテロリストたちは、あろうことか、自分たちのミスで倒壊の危機があるラウンジ最上階に取り残されてしまう。更なる大惨事を回避すべく、第二小隊の“テロリスト救出作戦”が始まる。
レイバーによるキャッシュディスペンサー強奪事件が続発。現場に残された落書きから、後藤の脳裏に過去の事件が思い浮かぶ。その事件には、犬走(TV第9話)、猫渡(TV第24話)、そして猿滑三吉のテロリスト三人組が関係していた。後藤率いる第二小隊の戦いが始まる!
野明がテレビ番組｢働くお嬢さん｣に出演することに。収録が始まり、せめて醜態だけは見せまいと悪戦苦闘する野明だが、どうも上手くいかない。そんな折、作業用レイバーを奪った男の自殺騒動が発生。突撃レポーター・桜山桃子と野明は現場へ急行する。
香貫花を隊長とするニューヨーク市警レイバー隊へ最新の技術を伝えるため、整備班のシゲに渡米の辞令が下る。ニューヨークを訪れたシゲの前には、予想を上回る展開が待っていた。巨大ロボ・メガアイアンを操る女マッドサイエンティストから、世界を守れ!
空挺レイバー隊“99式ヘルダイバー”の演習を見学するため、自衛隊の総合火力演習を訪れた後藤以下第二小隊。彼らを呼びとめた自衛官の案内で向かった格納庫にいたのは、南雲隊長の学生時代の友人にしてヘルダイバー部隊の隊長を務めている不破だった。彼女の狙いとは!?
第一小隊に篠原重工の最新鋭レイバー“AV-0”の導入が決定した。あらゆる面で“イングラム”の能力を凌ぐ新型機。その姿を見る野明の胸の内に沸き起こるのは、いかなる感情か…。“アルフォンス”と名付けた愛機への想いが、今の野明には重い。
出動するたびに評価が高まる、第一小隊の“AV-0”。それと相反するかのように沈んでいく野明の心。苫小牧に帰郷し、かつての愛犬、アルフォンスとの死別を思い返す野明。迎えに来た遊馬と共に東京へ戻る二人に、第一小隊援護のため、緊急出動の命令が下る!
世界各地から続々と大物レイバー関係者が結集したある晩、東京湾に正体不明の黒いレイバーが出現した。迎え撃つべく出動した第一小隊と最新鋭機AVゼロ・ピースメイカーの面々は目を疑った。彼らの前に現れたのは、かつて“イングラム”との死闘の末、バビロンの城門に沈んだはずの“タイプJ9-グリフォン”だったのだ!!
ピースメイカー墜つ!“グリフォン”の圧倒的な力の前に第一小隊は撤退を余儀なくされた。重苦しい惨敗ムードが漂う中、しかし、第二小隊だけは高揚感とも言うべき雰囲気に包まれていた。それぞれの胸によぎる確信的な対決の予感――。野明も、太田も、香貫花までも…。そして大晦日の晩。雪の降りつもる東京湾舞浜に、“グリフォン”の漆黒の機体がついにその姿を現した!!
東京湾から上陸した“グリフォン”は首都高速湾岸線上を移動し始めた。しかも、進行方向は舞浜方面。その先には大晦日の終夜営業でにぎわう東京最大の遊園地がある。舞浜への被害を防ぐため、その手前、旧江戸川にかかる舞浜大橋上で、“グリフォン”を待ち受ける野明たち一号機と二号機。状況は特車二課の有利かに見えたのだが…。
一号機バッテリー切れ!絶体絶命かと思われたその時、割って入る一台のレイバーキャリア。香貫花の三号機だ!香貫花が時間を稼いでいる間に、素早くバッテリーを交換し、戦闘に復帰する野明の一号機。だがその直後、グリフォンの外部スピーカーから漏れた操縦者の声は、野明も知っているあの少年の声だった――。そして戦いの裏でジリジリと狭まる事件への捜査の環。事件の決着はいかに!?全てのドラマがついに終結!
いかに元気一杯の野明とはいえ、コンディションの悪いことも――。この日野明はあまりの歯痛で眠れずに朝を迎え、食事もとれずに苦しんでいた。氷も薬も遊馬の気遣いも空しく、歯痛は悪化するばかりで、野明の頬はもうパンパン。そんな時、盗難レイバーの暴走事件が発生、急拠出動した特車二課だったが・・・・・・。
二十年間続いた長寿番組｢お母さんとごいっしょ｣の最終回。マスコット・クマ五郎のぬいぐるみ俳優が、司会のお姉さんと体操のお兄さんを人質にとり、爆発物を仕掛けてスタジオ内にたてこもった!!イングラム得意のちからワザは使えない。頼みの綱は、小隊きっての知性派お姉さん“おタケさん”こと熊耳巡査ただひとりっ!
近頃、頻発する爆弾テロ、その被害は全て東京湾開発事業・バビロンプロジェクトの関連企業に集中していた。そんな折、特車二課でもドラム缶風呂のガス漏れによる爆発さわぎが・・・。唯一の風呂を失い、銭湯へと行軍するはめになった、後藤以下第二小隊面々。途中、倒れている刑事を助けた彼らは、その先の銭湯に連続爆破犯人が逃げ込んだことを知る・・・。
最近ぶったるみきった整備班の生活態度に、二課の主、整備班長・榊さんの怒り爆発!発足はじまって以来の大粛正が開始された!!エッチ本、エッチビデオの類は全て焼かれ、整備班のプライバシーも管理された。結果、闇取引が横行し、対する風紀委員の弾圧もそのきわみに達した。そしてついに整備班は血で血を洗う内乱状態に陥るに至ったのである!?これは特車二課を震撼させ、光輝ある整備班に唯一の汚点を残した歴史的事件の全記録である。
グリフォンとの戦いが一段落し、特車二課第2小隊の面々は温泉宿へと慰安旅行にやってきた。ひと風呂浴びて、さっそく宴会へと突入したが、なぜか険悪ムードの香貫花と熊耳。野明と遊馬ら周囲の気遣いを尻目に、二人の冷戦はエスカレートするばかり。その毒気にあてられてか、宴会はやがて意味不明の世界へ・・・。人気を二分する二人の戦い。果たして勝利はどちらの手に・・・?
近未来のサイバーな夢にうなされる太田。ひろみを撃ち殺し、シゲを撃ち殺し、遊馬も、進士も撃ち殺して、夢から醒めたとき、そこには彼の想像を絶した惨劇のあとが待っていた。記憶を失い、自らを殺人者と思いこみ街をさまよう太田。そのとき、彼の心によぎっていたものは?太田の意外な側面を描く、押井 守脚本作品第三弾!
ある雨の降る日、野明は特車二課デッキ前に捨てられた仔猫を見つける。今にも死んでしまいそうなこの仔猫を助けるために、周囲に秘密で飼い始める野明、遊馬、ひろみたち。手厚い世話の甲斐あってすっかり元気を取り戻す仔猫。しかしそうなると他の隊員たちに隠しておけるはずもなく・・・・・・。
台風直下の軽井沢。二人きりの男女を乗せて、一台の車がひた走る。今夜のうちに東京へ戻らなければならないふたりだったが・・・・・・。土砂降りは、ますますひどく、道もなく、夜はふける。そして行き過ぎる、ホテルのあかり・・・・・・。果たして二人は無事、東京に帰りつくことが出来るのだろうか?
覚えているだろうか?二課デッキの地下に網の目のように広がる下水道、その奥深くから這い出した巨大な白いワニを。今では湾岸の水族館で静かな余生を送るそのワニが、ある日、推定二億円といわれる大真珠を産み落とした。それは、あの呪われし迷宮の扉を再び開く恐ろしい事件の前兆であった・・・・・・。
ある日、遊馬のもとに届いた一通の同窓会通知。その当日、そこには彼がかつて想いを寄せていた少女・加嶋由紀江の成長した姿もあった。遊馬の胸によみがえるかすかな痛み。そして、ふたりはごく自然に逢うようになるのだったが・・・・。それは、はかない初恋の想い出とまぼろしが交差する青春の墓標――。
1999年、すでに人類は地球防衛組織｢CLAT｣を結成していた。その基地は、とある埋立地の地下深く秘密裏に作られ、冷静沈着なゴトウ隊長のもと日夜敢然と異星人の来襲に備えていた・・・。TV放送時、異色の番外編として話題をさらった第44話｢CLATよ永遠に｣の続編ついに登場!行け、野明!進め、CLAT!迫り来る侵略宇宙人の総攻撃を迎え撃て!!
2000年も暮れかかる年の瀬。野明は自室の大掃除の最中、どうしても見つからないものがあることに気付く。探し物ついでに二課棟に顔を出すと、そこには非番のはずの面々が・・・・・・。そんな中、思い立ったように野明を墓参りに連れ出す遊馬――。激しい勤務の中でいつの間にか成長した隊員たちの姿をとらえるビデオシリーズ最終話!
すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺を遂げる。何とか彼を引き留めようと叫ぶ同僚や作業員を背に、海に向かって飛び降りる彼の口元には嘲りの笑みが浮かんでいた。時を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが、無人にもかかわらず風洞実験中に暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。留守を預かる第2小隊は単独で暴走事件の処理に追われていた。第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、強風によって建造物から発せられる低周波音を引き金として、帆場の意図したとおりに「HOS」が引き起こす暴走が事件の原因であることが明らかとなった。篠原重工から同じ内容の報告を受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係や「HOS」を認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、公式には「HOS」のバージョンアップと称しつつ、「HOS」を旧OSに書き換えることで政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された頃、大型台風が東京に近付いてきた。大規模なレイバー暴走を未然に食い止めるため、大音量の低周波音を発し得る「方舟」を解体するべく、第2小隊は本庁黙認のもと緊急出動する。
1999年、東南アジア某国で、PKO部隊として日本から派遣された陸自レイバー小隊がゲリラ部隊と接触、発砲許可を得られないまま壊滅する。しかし、一人の生存者がいた。破壊されたレイバーから脱出した彼がそこで見たのは、異教の神像が見下ろす古代遺跡であった。そして、彼は「彼岸の人」となった。 「方舟」の一件から3年後の2002年冬、かつての特車二課第2小隊の面々は、隊長の後藤と山崎を除いて、新しい職場に異動し、それぞれの日々を送っていた。そんなある日横浜ベイブリッジで爆破事件が起こり、それは自衛隊の戦闘機F-16Jらしき物体から放たれた一発のミサイルによるものであることがテレビによって報道される。そして、これがすべての始まりであった。
東京湾沿岸ではレイバーを狙う謎の破壊活動が続いていた。事件を追う城南署の刑事、久住と秦はその捜査に難航していた。そんな中、秦は生物医学研究所の研究員・岬冴子と偶然に出会い、彼女の不思議な魅力に惹かれていった。ある日、捜査中の久住と秦は湾岸に浮かぶ備蓄基地で次々と人間を食い殺す“怪物”に遭遇する。二人はこの“怪物”が、彼らの追うレイバー連続襲撃事件の犯人と疑いを強める。しかし、残された“怪物”の肉片からは驚くべき事実が判明する。さらに、二人の捜査の周辺で怪しく動く冴子の影が浮かび上がってくる……。
