Scully, die immer noch unter dem Trauma ihrer Entführung steht, ist überzeugt, dass Mulder noch lebt. Tatsächlich wird der schwer verletzte FBI-Agent von Navajo-Indianern gefunden. Eine weniger erfreuliche Entdeckung muss Scully selbst machen: Sie will mit Hilfe eines Psychotherapeuten die durch die Entführung verursachten Blockaden wieder lösen. Dabei stellt sich jedoch heraus, dass ihr während ihrer Entführung ein winziger Chip in ihren Nacken implantiert wurde ...
Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and the Cigarette-Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder's body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.
Mulder katoaa ja samalla huippusalaiset kansiot. Hengenvaarallinen ajojahti jatkuu.
Mulder a disparu avec la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part à sa recherche et pense même à démissionner du FBI, lorsqu'elle découvre qu'on lui a implanté une puce électronique dans le cou. Mulder est en fait retrouvé dans le désert du Nouveau Mexique et secouru par un groupe d'Indiens Navajo qui pratiquent sur lui un long rituel de guérison et lui font reprendre conscience...
... ( az előző rész folytatása ) a Cigarettázó Férfi által vezetett katonák tovább keresik Muldert és a számítógépes adatkazettát, amely véleményük szerint még mindig az ügynöknél van. Alfred Hosteent és családját kihallgatják és összeverik és Scullyt, aki eredménytelenül keresi fel a még mindig forró vagont, szintén kikérdezik. Ám a Cigarettázó Férfi minden kísérlete hiábavaló - nem találja Fox Muldert.
Una squadra di soldati in mimetica, capitanata dall'Uomo che Fuma, è alla ricerca di Mulder e del nastro per computer creduto essere in suo possesso. Alberto Hosteen e la sua famiglia vengono interrogati e picchiati, e Scully - la cui visita al carro ferroviario non l'ha condotta da nessuna parte - viene arrestata, perquisita e interrogata. Ma gli sforzi dell'Uomo che Fuma si rivelano vani.
Presso la sede centrale dell'F.B.I., a Scully viene dato un permesso obbligatorio di assenza fino a quando una commissione non avrà chiarito la natura della sua insubordinazione. Dopo la lavata di capo, Scully ritorna a casa dalla sua famiglia. Dice a sua madre di aver sbagliato a contraddire i suoi superiori. Quando Scully ritorna a Washington, Frohike l'informa che Il Pensatore - l'hacker di computer che ha avuto accesso ai file MJ - è stato assassinato in maniera professionale da ignoti assalitori. Quando Scully avvicina Skinner con le novità, e ipotizza che Mulder ed Il Pensatore potrebbero essere stati uccisi dagli stessi individui, Skinner si mostra interessato solo al nastro per computer scomparso. Nel frattempo, Albert e la sua famiglia indagano su degli avvoltoi che volano in circolo sopra il deserto del Nouvo Messico. Trovano il corpo esanime di Mulder vicino ad un tunnel dalle parti della cava. Viene trasportato in un hogan Navajo, una cupola di fango simile ad un igloo, dove sul suo corpo viene compiuto un rituale di guarigione chiamato La Via Benedetta. Mentre la cerimonia avanza, l'anima di Mulder incontra un ponte che si stende attraverso due mondi. Egli incontra la visione di Gola Profonda, e suo padre, e degli alieni intrappolati all'interno del carro merci. Nel terzo giorno del rituale, i Navajo vedono Mulder che riprende conoscenza.
Mentre passa attraverso un posto di controllo della sicurezza alla sede centrale dell'FBI, Scully fa suonare il metal detector. Una guardia della sicurezza avvicina una sonda alla sua nuca e di nuovo scatta l'allarme. Confusa,
The Cigarette Smoking Man probeert alle gestolen computer-bestanden te heroveren, maar wordt geconfronteerd door een man van wie hij dacht dat hij dood was. Scully worstelt met haar eigen gevoelens voor Mulder die vermist is en waarschijnlijk dood is, totdat ze een visioen over hem heeft.
Palacz chce odzyskać skradzione pliki komputerowe. W ciele Scully zostaje znaleziony metalowy chip, a Mulder walczy o przetrwanie.
Scully descobre que sua carreira no FBI está em perigo enquanto Mulder permanece desaparecido, e ela acaba recebendo uma ajuda inesperada. Enquanto isso o Canceroso continua sua perseguição aos arquivos roubados, o que o leva a ações desesperadas e mortais.
Дану Скалли обвиняют в попытке разгласить секретную информацию. Теперь ей грозит увольнение из ФБР. На исчезнувшего Фокса Малдера идет настоящая охота, а в это время индейцы колдуют над его телом.
Mientras un místico nativo americano intenta curar a Mulder, Scully busca archivos secretos sobre experimentos alienígenas y se convierte en el objetivo de un asesino.
Mulder är fortfarande försvunnen. Scullys karriär på FBI är i fara och Cigarette Smoking Man försöker få tillbaka de stulna filerna. En grupp Navajo-indianer hittar Mulders kropp i en grotta och försöker kalla tillbaka hans själ genom en uråldrig ceremoni.
S和CSM都认为M已经死了，其实他没死，印第安老人为他进行了名为“the blessing way”的治愈仪式，救了他一命。M回来后开始着手调查他爸爸的关系网。S由于牵扯进了M的这件事中，被停职了。一次偶然的机会，她发现自己脖子后面被植入一块电子芯片，却没有任何关于它的记忆。影子政府派人杀S，却误杀了S的姐姐Melissa。S对SKINNER产生了信任危机。
