赤ん坊の頃に両親を事故で亡くし、施設で育ってきた、百千ひまり。そんなひまりの16歳の誕生日に突然、亡くなった両親からの遺言状が届き、「百千家」を相続することになる。いざ、地図を頼りに百千家に辿り着くと、そこには葵と名乗る謎の少年のほかに紫、伊勢と呼ばれる先住人が…！ひまりは彼らに「百千家の主は葵だから出ていけ」と言われてしまい……！
百千家での新生活が始まり、ひまりは亡くなった両親の手がかりを探すも、謎が増えていくばかり。葵は何かを隠しているような様子なのだが、ひまりが質問してもはぐらかされてしまう。モヤモヤが募る日々を過ごすひまりは、ある日、百千家の中で、室内にも関わらず、桜の花びらが舞い降りてきたのを発見し――。
転校初日、緊張する中、クラスでの挨拶を終えて優しいクラスメイトたちの反応にほっとするひまり。早速、放課後にクラスメイトを百千家に連れて行くことに。葵たちとの同居を怪しまれないために、協力を頼むひまりだったが、現れた葵や紫、伊勢の姿を見て驚いてしまう。さらに、葵から「友達が死んでいる」と衝撃の一言が……！
火車を家に招き入れてしまった日から、百千家の封印が壊れ、妖怪が溢れてしまっていた。再封印の対応に追われる葵たちに、ひまりはあるマークが見えると話す。ちょうどその時、鵺が火車の罠にかかってしまう。鵺を救うために伊勢は「猩々」の姿になるも暴走してしまい……。
クラスメイトの日高に「自分に近づくと呪われる」と言われてしまうひまり。斑目たちに聞くと、日高はどうやらあまり学校に来ておらず、変な噂があるという。気になったひまりは彼の家に行くも拒絶されてしまう。また帰り道に出会った狐面の子供にも「日高にこれ以上近づくな」と言われてしまう。この出来事を葵に話すと、どうやら日高のことを知っているようで――。
水場にしている泉の穢れをどうにかしてほしいと妖たちに頼まれる葵。幽世の泉の水源は龍神様の聖域のため、本来、泉が穢れることはあり得ないようだ。龍神様と縁があるという紫が龍神様と交信を図るも失敗に終わってしまう。龍神様に何かあったのではと紫たちは泉に向かってみると、穢水のせいで泉は真っ黒に。それと同時に紫が倒れてしまい……。
葵に抱きしめられてから、その時のことを夢に見たり、彼の顔をまともに見ることができなくなってしまうひまり。授業中も葵のことを考えて集中できないでいるひまりは、那智先生に注意され、放課後に古文準備室の掃除をするように言われてしまう。掃除をしているひまりは「のぞき鏡」と呼ばれる古い鏡を見つける。それは「人が一番覗きたいものが映る」と言われているもので――。
意を決したひまりは葵に想いを伝える。一方、葵は、ここ数日謎のスランプで封印がうまくいかず、百千家に妖が溢れかえってしまう。そのせいで幽世では百千家が通り抜け自由になったと噂になってしまっていた。そんな時、葵を心配した妖・猫ばぁばが百千家に現れる。猫ばぁばは葵に早く一人前の妖になれと言い、嫁をとらせようと彼にお見合いを勧める。ひまりはなんとか葵のスランプを治し、彼のお見合いを止めようとするが……！
幽霊がいるという噂を確かめるために、ひまりはクラスメイトと籠目公園に来ていた。幽霊や不審者がいないことがわかり、帰ろうとした時、どこからか不気味な風と歌声が聞こえ、男が現れる。その正体はみんなを驚かそうとした妹尾だった。どこか様子のおかしい妹尾を気にしつつも、百千家に帰るひまり。その途中、また不気味な風と共に歌声が聞こえてきて――。
突然、百千家にやってきた影の正体は、那智先生だった。葵は那智を「お兄さん」と呼び、古くから関係があるようだ。鵺に変身できず戸惑う葵に、那智は穏やかに微笑む。那智の目的は何か？葵と那智の間に一体、何があったのか？過去の縁がついに明らかになる――!!
思ほゆの棚で、念願であった両親の思い出を知ることよりも、葵の棚を選んだひまり。そこで葵の両親や幼少期の出来事、那智との出会いが明かされる。すべてを知ったひまりは静かに涙を流すも、強い瞳で葵と百千家の家族を救う決意する。すべての妖を憎み、滅ぼそうとする那智との因縁の対決の行方は――。
那智との闘いに決着がつき、百千家に平和な日常が戻ってきた。「お疲れ様パーティー」を開催するために、みんなで準備を進める中で、葵はひまりに思ほゆの棚の話をする。そして、葵はいままでひた隠しにしていた、彼の秘密を語り始めるのだった――。
