王女ユウキは十二歳の誕生日を迎えた。王国のならわしでは間もなく成人のお年頃とはいえ、まだまだ子供っぽい幼さの残るユウキ。 それでも立派な王族を目指し、侍従のヨシュアと共に、笑顔いっぱいで頑張っている。 そんなある日、辺境から双子の騎士ユニとルネが来訪。ヨシュアはユウキに対して無礼な態度をとったユニと衝突し、シミュレーションバトルでの決闘を申し込んだ。 ユウキも思わぬ形で関わる事となり……。
王国の平和は破られようとしていた。国境に押し寄せる帝国軍を食い止めるため、騎士団総長ハロルドは旗艦空母「エクセスアルカ」で前線に向かう。搭乗クルーの中にはヨシュアの姿があった。 前線の苛酷さに圧倒されるヨシュア。だが代々王家に仕えてきた誇りが、ユウキの笑顔を守りたい一心が、初出撃した彼の心を奮い立たせる。「父さん。見ててくれ……必ず俺、あなたを超えてみせます…！」
ステラ・シャイニング一等兵曹。帝国軍ビュルガー分隊所属の一兵卒である。 どのような苦境でも微笑みを絶やさぬが、彼女は常に仲間たちと一定の距離を置いている。 笑顔の裏に隠された、その胸の内は…？ 新たに赴任した分隊長ゲイルと共に、敵地への潜入任務につくステラ。彼女が目撃したのは王国の現実と、もう一人の少女…… 王女ユウキの自分とは全く違う、明るくあどけない笑顔であった。
王国と帝国の戦争が始まって２ヶ月以上が経過した。王国は劣勢を強いられ、国土の北部を帝国軍に占領されつつある。 苦悩するユウキ。彼女を支えるのはレイラ。 レイラはかつて夫や娘と共に、帝国で暮らしていた。だが。ある悲惨な出来事で愛する家族を失い、王国に仕える身となった。 レイラの励ましにより、再び立ち上がるユウキ。王族として今、果たすべき責任とは？ ユウキは厳しい選択を迫られる。
王国領を流れるディーズ川。その渡河を巡り、両軍は膠着状態にあった。一進一退の攻防、流域では日夜激戦が繰り広げられている。 状況打開のため、夜間行軍を命ぜられるステラらビュルガー分隊。闇にまぎれて敵軍の背後をつき、本隊の渡河を援護する役割だ。だが夜通しの敵中行軍は困難を極める。 行軍のさなか、ステラとの過去を思い出すリリィ。彼女はかつて戦場で、ステラに命を救われた事があった……。
夏の訪れと共に、両軍は決戦の時を迎える。 王都ハリアントに迫る帝国軍。王都には戒厳令が敷かれ、住民たちは避難を完了した。だがあえて逃げず、王宮に踏み留まるユウキ。 胸の内には、深い悲しみと大きなとまどいがあった。王都周辺での激しい戦闘。両軍の兵士の命が空しく散っていく中、ある作戦を思いつくユウキ。そして、ユウキは１つの選択を行う。
帝国軍は王都ハリアントを占領した。ユウキは腹心たちと脱出し、未だ行方知れずである。 ステラらビュルガー分隊は、王宮に駐留し、つかの間の平穏な日々を過ごしていた。除隊する仲間のピアースの送別会を開くため、一致団結する分隊員たち。本人たちもそうと気付かぬうちに、次第に結束が高まりつつある。 ピアースの頼みを聞き入れ、王宮に忍び込んで中を見てまわるステラたち。最上層の温室で彼らが見たものは……。
季節は秋。ユウキは王国南部へと拠点を移し、帝国軍への抗戦を指揮していた。 一方、ハリアントの王宮に囚われているイザナは、帝国軍の機密情報を探り当てる。今は滅亡したベルデ皇国が、その機密情報には深く関わっていた。 王宮からの脱出を試みるイザナ。決死ではない、必ず生きて妻子の元に戻る覚悟である。 折しも帝国軍参謀長アイネは自ら前線に立ち、ユウキと対峙していた。
王国は今や風前の灯火。騎士団総長ハロルドは最後の手段として、新型クラルスの本格的な増産に手を染める。ユウキや亡き国王夫妻の思いに背く行為だが、あえて汚れ役となり、王国を守り抜こうとするハロルド。 だがユウキとレイラは、そんなハロルドの決断に異を唱える。イザナが送ってきた帝国の機密情報、その解析に二人は成功したのだ。 互いの信条をぶつけ合うユウキとハロルド。 暁と共に、帝国軍が彼らの間近に迫る。
帝国は今や破竹の勢い。だがステラたち前線に立つ兵士にとって、日々の戦闘は苛酷なものでしかない。仲間たちと共に生き抜くうち、ステラの笑顔は次第に変化しつつあった。 戸惑うステラに問いかけるゲイル。「変わったと思うか？ 自分が」。咄嗟に答えられぬステラ。だが今の彼女にとって、分隊がかけがえのない居場所になりつつある事は確かだ。 そんなある日、分隊に下される出撃命令。 暁の戦場で待ち受けていたのは……。
冬が来た。ユウキとステラはそれぞれに大切な人々を失いながら、それでも懸命に歩む事を止めない。そしてついに戦乱は最終局面へ。 王都ハリアントの奪還を宣言、帝国軍に決戦を挑みかけるユウキ。だがその真の狙いは、別のところにあった。敵味方を欺き、己の命すら顧みずに、最後の賭けに出るユウキ。 ステラとビュルガー分隊もまた、その大きな運命の流れとは、無縁ではいられなかった。
決戦の火蓋が切られる。死力を尽くす両軍、数え切れぬほど多くの命が空しく散っていく。 一方、ユウキとステラは戦場から遠く離れた地……ベルデ皇国の旧領土に辿り着いていた。 戦乱を止めるため、多大な痛みを伴う「ある決断」を下そうとするユウキ。だがその前にステラが立ちはだかる。 皆に笑顔をもたらしたいと願う王女ユウキ。 笑顔でしか自分を守れなかった兵士ステラ。 二人の少女は、世界に何をもたらすのか。
