時は1600年、関ヶ原・烏頭坂。西軍劣勢で退路を断たれた戦国武将・島津豊久は、伯父・島津義弘を薩摩へ戻すため“捨てがまり”で敵の大将・井伊直政の首を狙う。捨て身の戦法で見事直政に一矢報いるも、首を取るまでには至らず瀕死の重傷を負った豊久。満身創痍で山中を彷徨っていると、突如、奇妙な空間に足を踏み入れる。事務机に座る謎の男、紫が書類にサインをすると豊久は否応なく扉の向こうの異世界へと送り込まれるのだった。 かの地で目を覚ました豊久は驚愕する。そこには死んだはずの英傑・織田信長、そして古の武者、那須与一がいた！
人とは異なる種族である亜人（デミ・ヒューマン）エルフ。その村が、漂流者（ドリフターズ）である豊久を助けた咎で、オルテ帝国の兵によって襲撃される。命の恩人であるエルフを助けるため、豊久は傷も癒えぬうちから走り出す。冷血な騎士武官・アラムの理不尽な殺戮に為す術がないエルフたち。その前に飛び出した豊久は圧倒的な戦闘力で兵たちを次々と打ち倒す。 時を同じく北方の防衛の要であるカルネアデスの北壁では、人類廃滅を唱える廃棄物（エンズ）の王、“黒王”の進軍が始まろうとしていた。
十月機関の長・安倍晴明は黒王軍の侵攻を止めるため、ローマを震撼させた天才戦術家・ハンニバルとそれに対抗した軍人・スキピオという因縁深い二人へ軍権を譲るよう、カルネアデスの兵を説得していた。しかし世界の異物である漂流者たちを受け入れるはずもなく、黒王率いる圧倒的な数の人ならざるものの軍、そして超人的な能力をもった廃棄物・ジャンヌ、アナスタシア、土方歳三たちの手によりカルネアデス要塞は落ちようとしていた。撤退を余儀なくされる晴明たちの上空に紫電改が舞う。
導師オルミーヌは監視していた豊久たち三人に捕らえられ詰問される。廃棄物の脅威とそれに抗戦してほしいことを求めるオルミーヌだが、軍権が握れない以上廃棄物に対抗できないことを信長に指摘され、逆に豊久を頭目に行う自分達の国盗りに加担しろと迫られる。 一方、謀士ラスプーチンに支えられ行軍を進める黒王は、傷ついた亜人兵を奇跡の力で治療し、一握りの麦を無限に増殖させ兵站を生み出す。常識を覆す脅威の軍隊には、その身を置きながらも自らを廃棄物とも漂流者とも決めない九郎判官義経の姿があった。
巡察隊を皆殺しにしたせいで、エルフの村は軍によって襲われようとしていた。それを阻止するべく、弓矢を作り襲撃に備えるエルフたち。森の中では兵の死体を集めなにやら始める信長にオルミーヌは眉を顰めるが、日の本の侍の死生観がまるで違うことを感じる。ついに村に軍が迫る夜、豊久はエルフたちに村を取り返した後、代官の城館へ攻め入り女子供を取り返せと強く言い放つのだった。
ついに城館に入り込んだ豊久は、迷いなくエルフの女たちを助けに向かうが、そこで見た光景に激昂し兵を皆殺しにしようとする。真直ぐな気質の豊久を汚させまいとする信長はその頭を殴りつけ昏倒させると、命令の指揮を奪い取り兵士を一人残らず始末した。オルテ帝国・帝都ヴェルリナでは、年齢不詳のオカマ、サン・ジェルミ伯が従者を引き連れて貴族院に現れる。
黒王の命によりジャンヌとジルドレが漂流者を追って廃城に現れた。迎え撃つは豊久と与一。炎を自在に扱うジャンヌに対し、逃げるしか術がない豊久。だが、オルミーヌの助力を得てその戦況を冷静に判断した豊久は戦いの渦中で笑う。与一は矢を受けてなお戦い続けるジルドレに苦戦を強いられていた。
駆け付けたキャシディとキッドによりジルドレをなんとか倒すことができた与一。そこに声をかけたのは、元主にして与一の心に陰を落とす源義経だった。与一は激しく苦悶する。かくして晴明たちと合流を果たす豊久たち。オルテ帝国を滅ぼし漂流者の軍閥を作ろうと画策する信長に晴明はその先の戦乱を危惧する。揃って廃滅のため動く廃棄物と予想のつかない漂流者は世界をどう変えていくのか。
オルテ帝国を盗るため、労働者として捕囚されているドワーフを解放すべく、ガドルカ鉱山へと向かう豊久たち。ついに火薬を手に入れた信長は与一の弓を使った爆撃弾で城市を強襲する。初めて聞く爆音と衝撃にオルテ兵は驚き混乱。見事ドワーフを解放しそのまま城市を落とす直前、豊久は敵前で思いもよらぬことを始める・・・
人類を廃滅し地上に新たな文明を作るために黒王は六大竜の一匹である青銅竜を軍門に下らせ、亜人たちに耕作をさせ文字を作り、多種族一体化の準備を始める。 時を同じくして信長は次なる戦への備えに鉄砲の量産を開始し、豊久はドワーフ軍を鍛錬する。そんな折、豊久たちの前にオルテの国政を左右する大藩治公サン・ジェルミが現れる。
豊久たちの前に現れたサン・ジェルミはオルテ帝国へのクーデターの企てを持ちかける。信長は利益と打算で動いている間はサン・ジェルミはむしろ信頼できるとして、計画に協力することを決断しオルテ帝国の首都ヴェルリナへと向かう。 サン・ジェルミの議会操作による無血開城が行われると思いきや、黒王軍・ラスプーチンによる烽火があがり、ドリフターズと黒王軍の直接対決となる首都攻防戦が幕を開ける。
ヴェルリナ市街を襲う黒王軍を、信長率いる火打銃兵（マッチロックガナー）と与一が率いるエルフの弓衆が迎え撃つ。銃の威力に崩れ撤退する黒王軍の兵だが、あまりの引き際の良さに信長は落ち着いて場を見定める。 信長たちとは別にドワーフを率いて先陣を切る豊久の前に、新撰組副長・土方歳三が立ちはだかる。豊久の胸にある「島津十字」を目にし憎悪を滾らせる土方を、知ってか知らずか豊久は嬉々として挑発し戦いを挑む。
ヴェルリナでの漂流者と廃棄物の激突から一夜明け、荒れ果てた市街でサン・ジェルミと信長はこれより始まる群雄割拠を見据えて動き出す。 一方、北壁に根を下ろした黒王軍の様子を探るべく、十月機関の導士らは北壁の内部へ潜入。 人を奴隷化しながら急速に高度な文明を築く化物たちの有様を目にし驚愕する。そんな彼らをあざ笑いながら現れたのは源九郎判官義経だった。
「放蕩 なれど出来息子」シャイロック8世らに率いられた『グ＝ビンネン商業ギルド連合』は漂流者である大日本帝国海軍少将、山口多聞を客将に迎え、オルテ海軍を壊滅し海上覇権を手に入れた。 序列第２のブリガンテは山口多聞に異世界から来た脅威の軍艦「飛龍」の引き渡しを願い出る。 一方、オルテ残軍の主導権争いを見越した信長は西方諸族に向き合う第３軍と第４軍へ『国父位の復活』を打診。 対黒王軍への戦闘準備を整え始める中、信長はサン・ジェルミへ「グ＝ビンネン」への無理難題の外交交渉を依頼する。
