大正９年５月。本場のウイスキーづくりを学ぶため単身スコットランドに渡った亀山政春（玉山鉄二）は、二年ぶりに日本へ帰国。その傍らには青い瞳の妻・エリー（シャーロット）がいた。政春の実家へと向かう二人。エリーは政春の母に会えるのが楽しみでしかたないが、気が乗らない政春。意気揚々と挨拶するエリーであったが、政春の母・早苗（泉ピン子）が発した言葉は、結婚を祝うどころか「外国人の嫁は絶対に認めない」だった。
母・早苗（泉ピン子）に「外国人の嫁は絶対に認めない」と反対された政春（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）。実は、結婚を反対されていることをエリーに隠していた。来る法事の席で親戚たちにエリーを紹介し、認めてもらおうとたくらむ政春。妹のすみれ（早見あかり）になれ初めを聞かれた二人は、出逢いから結婚までのスコットランドでの出来事に想いをはせる。そして迎えた亀山家の夕げの席。そこにはエリーの席はなかった。
エリー（シャーロット）のことで政春（玉山鉄二）と早苗（泉ピン子）は大げんか。エリーは結婚を認めなかった母の姿を思い出すのだった。何とか好かれようと奮闘するがうまくいかないエリー。一方、ウイスキーづくりとエリーとの結婚を認めてもらおうと父・政志（前田吟）に思いをぶつける政春。そんな政春に政志は、ウイスキーづくりを命がけでやる覚悟はあるのかと厳しく問いかける。そんな中、運命の法事の日がやってくる。
運命の法事の日。エリー（シャーロット）を見て驚く亀山家の親戚一同。町の長老・和尚（神山繁）を通して結婚を認めさせようとたくらむ政春（玉山鉄二）。奮闘するエリーであったが失敗ばかり。そんな中、千加子（西田尚美）の子供のけんかを仲裁したエリーに和尚は感心する。作戦はうまくいくかと思われたが早苗（泉ピン子）だけは頑なに認めない。そんな姿にスコットランドでも反対されたことを思い出し落ち込むエリーであった。
結婚を認めて欲しい政春（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）であったが、めかけなら許すと言い放つ早苗（泉ピン子）に政春が激怒、またも大げんかになる。再びウイスキーづくりへの思いを語る政春に「相撲を取らんか」と構えを取る父・政志（前田吟）。酒蔵を継いで欲しい思い、夢を追う息子への思いを体で伝える父の姿に政春は涙する。一方、早苗はエリーに息子のことを思うなら国に帰ってくれと、頭を下げて懇願するのだった。
どんなに頑張っても日本人にはなれない、お願いだから国へ帰ってくれとエリー（シャーロット）に頭を下げる早苗（泉ピン子）。同じ言葉を発した母の姿を思い出し、政春（玉山鉄二）の元を離れる決意をするエリー。エリーがいないことに気づいた政春は家を飛び出す。離れていくエリー。追いかける政春。エリーを乗せたバスが突然停まり、「蛍の光」が聞こえてくる。そして、二人は互いの愛を確かめ合うのだった。
亀山家の結婚への大反対の中、マッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）は大阪へと旅立つ。早苗（泉ピン子）から受けとった菜箸を胸に、いつか二人の結婚を認めてもらおうと強く誓うのだった。二年ぶりの大阪は広島と段違いのにぎやかな街。住吉酒造を訪れると、社長の田中大作（西川きよし）をはじめ社員たちはマッサンの帰国を大喜びで迎える。しかし、エリーとの結婚を告げると状況は一変。大作は動揺するのだった。
帰国したマッサン（玉山鉄二）のための歓迎会。二人のなれ初めを嬉々（きき）として聞く社員であったが、専務の矢口（白井晃）は気に入らない。そこへ鴨居欣次郎（堤真一）が差し入れを持って現れ、二人との対面を果たす。そんな時、大作の妻・佳代（夏樹陽子）に呼び出され問い詰められる。なんと、マッサンは大作の娘・優子（相武紗季）と婚約していたというのだ。マッサンとエリー（シャーロット）は突然の事態に困惑して…
優子（相武紗季）との結婚話を問い詰められたマッサン（玉山鉄二）は困惑。マッサンが帰国した暁には婿に迎えるつもりで留学させたと告げる大作（西川きよし）であったが、マッサンは全く気が付かないという勘違いが原因であった。日本の結婚のしきたりが理解できないエリー（シャーロット）。素直に謝り理解してもらおうとする二人だったが、この二年間の思いを語り激怒する優子。その優子の心の奥に何かを感じるエリーであった。
エリー（シャーロット）は意を決し優子（相武紗季）に謝り、マッサン（玉山鉄二）への思いとウイスキーづくりの夢を語る。よくわかった、日本では好き嫌いは結婚と関係ない、と返す優子。理解してもらえたとエリーは喜ぶが、優子は許してはおらず、結婚を諦める代わりにマッサンも夢を諦め、会社を辞めるよう宣告するのだった。マッサンは住吉酒造で国産ウイスキーを作ることで恩返ししたいと優子に土下座するが、優子は許さず…。
優子（相武紗季）からウイスキーづくりを諦め会社を辞めるよう告げられ、マッサン（玉山鉄二）は弁解するがまったく聞き入れてもらえない。しかし、スコットランドでの修行を思い出し、もうひと踏ん張りしようと誓うのだった。一方、エリー（シャーロット）も優子に認めてもらうため接触を図るが、逆に陰湿ないじめを受け始める。そんな中、田中家のためにスコットランド料理を作ってもてなそうと考えるエリーだったが…。
心を込めて料理を作るエリー（シャーロット）であったが、目を離した隙に大量の塩を鍋に入れる優子（相武紗季）の姿。そんな仕打ちを受けつつ、優子のマッサン（玉山鉄二）への思いを知るエリーは絶対に負けないと誓う。いじめられるエリーを思いスコットランドに帰ろうと言うマッサンにエリーは怒り、逆に励ます。祖国を捨て、日本へ来たエリーの強い覚悟を受け止めたマッサンは、大いなる夢に向かい再び走りだす決意をする。
引っ越しをするマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）であったが、エリーが外国人だと知ると入居を拒否される。困り果てた二人はとある食堂へ入り、店主・春さん（及川いぞう）から貸家を紹介される。そして謎の女性・キャサリン（濱田マリ）と出会い、ようやく新居が決まる。心機一転、ウイスキーづくりに燃えるマッサンを応援しようと米炊きの練習に励むエリー。そんなとき、優子（相武紗季）が訪ねてきて…。
エリー（シャーロット）の元に優子（相武紗季）が現れ、マッサン（玉山鉄二）との結婚は諦めると告げて去る。一方、マッサンはウイスキー製造実験に着手するが、専務の矢口（白井晃）は事業計画書を提出しなければ認めないと冷たい態度。エリーはひょんなことから教会でキャサリン（濱田マリ）と再会。彼女も夫が外国人であることから意気投合する。実験に励むマッサンと、帰りを待つエリーの新婚生活が本格的に始まる。
新婚生活を始めたマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）のもとに突然訪ねてきた鴨居（堤真一）は虎の置物と舶来物の香水を引っ越し祝いにと渡して去る。米炊きに失敗してばかりのエリーはついに優子（相武紗季）に相談、厳しい指導のもと猛特訓がはじまる。そのなかで、自由に生きてみたいという優子の思いを知り、徐々に友情を深めていくエリー。一方、マッサンはウイスキー製造実験と事業計画書の作成にまい進する。
ようやく事業計画書を書き上げたマッサン（玉山鉄二）であったが、予算見直しを命じる矢口（白井晃）。そんななか、優子（相武紗季）のお見合い話が舞い込む。それは住吉酒造の将来のための政略結婚であった。エリー（シャーロット）はキャサリン（濱田マリ）ら近所の人たちとの交流が始まり楽しい毎日。銀行からの融資のため、大作（西川きよし）とともに接待に出かけたマッサンは、苦手ながらも奮闘し成功に終わる。
連日帰りが遅いと不満を訴えるエリー（シャーロット）だが、仕事は男のかい性と取り合わないマッサン（玉山鉄二）。憤慨するなか鴨居（堤真一）を訪ねるエリー。新製品のボトルに自分の意見が取り入れられて喜ぶエリーは、鴨居の考え方に共感していく。一方、予算を見直した事業計画書を作成したマッサンはポットスチル製造業者探しに奔走し、ついに見つける。喜びの中帰宅すると、エリーが鴨居とハグしているのを目撃してしまう。
エリー（シャーロット）が鴨居（堤真一）とハグする姿を目撃したマッサン（玉山鉄二）は嫉妬で激怒、近所を巻き込んだ夫婦げんかに。エリーはキャサリン（濱田マリ）に相談し別れろと諭される。一方、マッサンは大作（西川きよし）に相談、外国人との結婚に弱音を吐く。そんなマッサンに優子（相武紗季）が激怒、エリーにはマッサンしか頼る相手がいないとたしなめる。目を覚ましたマッサンはエリーを守りぬくと強く誓うのだった。
ウイスキー事業の承認に向け張り切るマッサン（玉山鉄二）と大作（西川きよし）。そんなやさき、各地でぶどう酒瓶の爆発騒ぎが起こり、太陽ワインの注文見合わせが相次ぐ。太陽ワインは爆発しないと訴えるマッサンだが、鴨居（堤真一）は実験で絶対的安全性を証明するよう命じる。連日の徹夜作業で生活がすれ違い、エリー（シャーロット）は不満を募らせて…。
次々に返品される太陽ワインの安全性を証明すべく実験に励むマッサン（玉山鉄二）。一方、エリー（シャーロット）は優子（相武紗季）に見合いへの意思を問う。実験によりようやく証明できた太陽ワインの安全性の説明を聞いた鴨居（堤真一）は、マッサンを連れ得意先へのおわび行脚へと出かける。そんななか、エリーに本当に結婚したいのかと聞かれた優子は…。
マッサン（玉山鉄二）は、鴨居（堤真一）の得意先へのおわび手法に面食らう。一方、優子（相武紗季）のもとに祖父・長五郎（中村嘉葎雄）がやってくる。見合い相手が経営傾く住吉酒造の支援を約束し、結婚に賛同する佳代（夏樹陽子）たち。しかし、優子の気持ちを知るエリー（シャーロット）がつい口を出し、大作（西川きよし）は見合いを断ることに。そんななか、マッサンは鴨居に呼び出され…。
鴨居商店の会議に参加したマッサン（玉山鉄二）は、鴨居（堤真一）に太陽ワインの未来について問われ、中身の一新を提案する。しかし、鴨居の出した決断は、中身はそのままで新たな広告を打ち出し再起を図るというものだった。憤慨するも次第に鴨居に魅了されていくマッサン。一方、銀行からの融資が白紙に戻り住吉酒造は窮地に陥る。会社存続には縁談を受けるしかないと迫られた優子（相武紗季）は…。
鴨居（堤真一）が太陽ワインの危機脱出のため、新たに打ち出したのは、女性ヌードをモチーフにした広告であった。自由で新しい意見を取り入れる鴨居に対し、マッサン（玉山鉄二）はこれまでの誤解をわびる。そこで突然鴨居は、一緒にウイスキーをつくろうと言いだし、驚くマッサン。一方、会社のために結婚を決めた優子（相武紗季）の姿にエリー（シャーロット）は…。
鴨居（堤真一）からの誘いに揺れるマッサン（玉山鉄二）。それに気づき、悔しいながらもその魅力を認め鴨居のもとへ行くよう勧める大作（西川きよし）に、マッサンの悩みは一層深まる。マッサンは住吉酒造に残ることを決め鴨居に告げるが、意外にもあっさりと受け入れた鴨居はエリー（シャーロット）のポスターモデルを提案し、またもけんかに。一方、マッサンから何の相談もなかったエリーは激怒して…。
鴨居（堤真一）にマッサン（玉山鉄二）を雇ってほしいと懇願するエリー（シャーロット）。しかし、鴨居は受け入れず、エリーにしかできない「内助の功」でマッサンを支えるべきだと告げ、エリーは思い悩む。一方、マッサンは住吉酒造に残ることを大作（西川きよし）に告げ、必ず一緒に夢をかなえようと強く誓い合うのだった。そんな中、住吉酒造の大株主である大作の義父・長五郎（中村嘉葎雄）が訪ねてくる。
大作（西川きよし）のじか談判に心打たれた鴨居（堤真一）は、これまで通り太陽ワインの生産を住吉酒造に任せることを決める。活気が戻る住吉酒造であったが、専務の矢口（白井晃）だけはより反発を強めていく。マッサン（玉山鉄二）と大作は、株主や銀行にウイスキー事業を承認してもらうため奔走。しかし、誰もが大株主の長五郎（中村嘉葎雄）次第だと取り合わず、努力しても理解されないとマッサンはいらだつ。
長五郎（中村嘉葎雄）に頭を下げ、ウイスキー事業承認のための株主会議が開かれることになり喜ぶマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）。しかし、本場のウイスキーを飲んでもらえば承認してもらえると楽観的なマッサンに対し、「煙臭い」「薬臭い」とうわさされるウイスキーの味が日本人に受け入れられるのか、エリーは不安を募らせるのだった。そんななか、エリーは優子（相武紗季）の言葉をヒントにあることを思いつく。
株主たちに本場のウイスキー原酒を飲んでもらうも、「煙臭くてまずい」と不快感を示し、絶体絶命のマッサン（玉山鉄二）のもとに、突然あらわれたエリー（シャーロット）。優子（相武紗季）らと考えたウイスキーに合う洋食、さらには和食を次々と振る舞い、おいしいとウイスキーへの評価が変わっていく株主たち。そんななか、マッサンや大作（西川きよし）はウイスキーづくりにかける熱い思いを株主たちに訴える。
大成功に終わった株主会議であったが、ウイスキー事業は否決されてしまう。事業に夢を感じた長五郎（中村嘉葎雄）だったが、藤岡（国広富之）が経営再建が先だと賛成派の株主を説得したのだった。さらに、ウイスキー事業を続けるなら優子（相武紗季）の縁談は白紙にすると告げられる。会社と優子のために夢を諦めてほしいと懇願する長五郎。それはできないと拒否するマッサン（玉山鉄二）は、住吉酒造を辞めるよう宣告される。
大作（西川きよし）に退職届を提出するマッサン（玉山鉄二）。大作は守りきれなかったことを詫び、それでも夢だけは絶対に忘れるなと断腸の思いでマッサンを送り出す。生まれてきた時代を恨めという矢口（白井晃）に必ずウイスキーづくりをかなえると宣言し、マッサンはウイスキー研究所の看板を外し住吉酒造を去るのだった。そんなマッサンを一生支えていくと覚悟を決めたエリー（シャーロット）は笑顔で出迎える。
住吉酒造を退職して２か月。ウイスキーづくりへの糸口が見出だせないまま、マッサン（玉山鉄二）は、いまだ定職につかず仕事を転々としていた。キャサリン（濱田マリ）らから紹介された仕事も性に合わないと断ってばかり。わずかな蓄えも底をつき、エリー（シャーロット）は自分も働くと提案するが、金を稼ぐのは男の仕事と取り合わないマッサンと夫婦げんかに。一方、鴨居（堤真一）は、ウイスキー事業に本腰を入れ始めていた。
ウイスキーのことを考えると、つい現実から逃避してしまうマッサン（玉山鉄二）。家や近所での肩身が狭く隠れるようにして職探しに出かける毎日。しかし、食堂こひのぼりで暇をつぶしては、皆から紹介してもらった仕事に文句をつけるのだった。一方、エリー（シャーロット）はキャサリン（濱田マリ）らにマーマレード作りを教えるなかで、桃子（ちすん）から、げたの鼻緒をすげる内職を紹介され、一生懸命に取り組むのだった。
金の無心に広島の実家に手紙を書いていたマッサン（玉山鉄二）。エリー（シャーロット）に見つかり、とっさに付いた嘘がきっかけで小説を書き始めるが当然うまくいかず、何も始められない状況に天を仰ぐのだった。一方、エリーはキャサリン（濱田マリ）から歌声教室の手伝いを頼まれ、教会で子供たちに歌を教えることに。そんななか、鴨居（堤真一）は国産ウイスキーづくりを目指し、本場スコットランドへの人脈作りを始めていた。
仕事探しに奔走するエリー（シャーロット）は、ある男に、ぴったりの仕事があると誘われる。一方、マッサン（玉山鉄二）はやはり自分にはウイスキーしかないと、鴨居（堤真一）に頭を下げ雇ってもらうため、気がつけば鴨居商店を訪れていた。そこで派手ないでたちで歌い踊るエリーを見て腰を抜かすマッサン。見せ物にされているだけというマッサンとやっと見つけた仕事の邪魔をするなというエリーの夫婦げんかが始まるのだった。
医者不在の中、風邪に冒された梅子（飯島順子）の息子・健太（稲田都亜）に、エリー（シャーロット）はスコットランドに伝わる風邪薬をマーマレードとウイスキーで代用して飲ませ、徹夜で看病する。一方、鴨居（堤真一）にウイスキーづくりで先を越され悔しいマッサン（玉山鉄二）は、酒に酔い寝ていて事態が読み込めないでいた。看病のかいあって健太は元気になり帰っていくのだが、今度はエリーが倒れてしまう。
エリー（シャーロット）が倒れたことを聞き、春さん（及川いぞう）と秋（しるさ）は野菜を、健太（稲田都亜）の父・信ちゃん（伊藤えん魔）はいのしし肉を持ち寄り、皆でぼたん鍋を作ることに。家賃を取り立てに来たヨシ（三島ゆり子）も状況を知ると氷を手に入れてくるのだった。そんななか、マッサン（玉山鉄二）はエリーが皆にどれほど愛されていたかを知り、自分はエリーのために何一つやってこなかったことを恥じるのだった。
家賃が払えず家主の野々村（神尾佑）にじか談判に訪れたマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）は、教会の歌声教室に通う幸子（田中葵）とナツ（吉田暖）姉妹と再会する。エリーに懐く二人を見た野々村は、家賃を待つかわりに二人に英語を教えてほしいと提案し、エリーは快く引き受ける。しかし、野々村の妻・由紀子（愛原実花）のことを「由紀子さん」と呼ぶ幸子に何か複雑な事情を感じとるエリーであったが…。
亡くなった母親のことが忘れられず、由紀子（愛原実花）との関係に思い悩む幸子（田中葵）の気分を変えようと、エリー（シャーロット）は自宅で英語レッスンを始める。自分自身の経験から幸子の気持ちがわかると伝えるエリーに、死んでしまった母親が悲しむからと由紀子を「お母さん」とは呼べないと幸子は告白するのだった。そんな中、エリーは「人生は冒険だ。悔いなく生きろ」と教えてくれた父のことを思い出し…。
鴨居（堤真一）から貿易商との会談の通訳を頼まれたエリー（シャーロット）は、鴨居がスコットランドから技術者を呼び寄せようとしていることを知る。マッサン（玉山鉄二）にもう一度鴨居に頭を下げて雇ってもらおうと提案するも、マッサンは自力でやると意地を張って拒否し夫婦げんかに。そんな中、どうしてウイスキーをつくりたいのかと問われ「人生は冒険旅行」と答える鴨居に、エリーは死んだ父の言葉を重ねるのだった。
泣きながら一人家を飛び出してきた幸子（田中葵）。事情を聞くと、由紀子（愛原実花）が野々村（神尾佑）から離縁を告げられたのだという。どうしても死んだ母親の事を忘れられず、由紀子を「お母さん」と呼べない自分が原因だと自分を責める幸子。エリー（シャーロット）はそんな幸子の気持ちを代弁するが、野々村は結婚したことによって幸子や由紀子を苦しめることになったと聞き入れてはくれないのだった…。
家族がそろえばもう一度絆を取り戻せるかも知れないと、由紀子（愛原実花）の誕生日パーティーを思いついたエリー（シャーロット）は、幸子（田中葵）と招待状を作り始め、マッサン（玉山鉄二）はパン焼き窯の製作に取り組む。エリーは野々村（神尾佑）に招待状を届けるも、仕事で東京に行くからと拒否されてしまう。そんななか、亡くなった母親のことは忘れなければならないと、幸子は思い出の写真を窯に放り込み燃やそうとする。
不安の中、皆が来てくれると信じてパーティーの準備をすすめるエリー（シャーロット）と幸子（田中葵）。しかし、やはり野々村（神尾佑）は姿を現さないのだった。エリーが再び説得するも拒否する野々村。重苦しい雰囲気のなか帰ってきたエリーはおわびにと「オールドラングサイン」を歌い始める。一同が気を取り直して乾杯し、由紀子（愛原実花）の誕生日を祝うなか、幸子はひとり台所へ向かい花束を手にするのだった…。
父・政志（前田吟）の危篤の電報を受けとったマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）は広島の実家へと向かうが、その電報はマッサンが住吉酒造を辞めたことを知った早苗（泉ピン子）が家に連れ戻すために出したものであった。そんななか、マッサンは、蔵人の俊夫（八嶋智人）とともに日本酒造りをすることに。一方、エリーは女中として亀山家で働くことになり、半年間の成長を早苗に見せようとエリーは張り切るが…。
蔵人の俊夫（八嶋智人）とともに試験醸造に取り組むマッサン（玉山鉄二）であったが、俊夫は西洋にかぶれて家を出て行った人間に日本酒造りは無理だと言い放つ。しかし、もとすり作業を見たマッサンは職人たちの活気に触発され、やる気が湧いてくるのだった。一方、女中として一生懸命働くエリー（シャーロット）に対し、ウイスキーの夢も結婚も諦めさせようと早苗（泉ピン子）と千加子（西田尚美）の厳しい指導が始まり…。
俊夫（八嶋智人）との日本酒造りが楽しくないと愚痴るマッサン（玉山鉄二）。一方、エリー（シャーロット）は千加子（西田尚美）から指示された足袋の縫い物に一生懸命取り組む。そんななか、早苗（泉ピン子）と千加子に呼び出され、エリーのためにもウイスキーの夢と結婚を諦めて実家に帰るよう説得されるが、強がり拒否するマッサン。ある夜、亀山の味を学ぼうと残り物のみそ汁を味見するエリーを目撃した千加子は…。
蔵の作業に弱音を吐くマッサン（玉山鉄二）に、俊夫（八嶋智人）は「いい年をして仕事もしていない人間に、未来の酒などつくれる訳がない」と言い放つ。一方、スコットランドに帰るよう早苗（泉ピン子）に説得されるも、帰りませんと告げるエリー（シャーロット）は、俊夫の言葉に落ち込むマッサンを励まし、千加子（西田尚美）に習った亀山家のみそ汁をマッサンに飲ませるのだった。そんなとき、千加子が産気づいて…。
千加子（西田尚美）の子どもが無事に生まれ喜ぶ亀山家一同。しかし、赤ん坊を抱くエリー（シャーロット）の姿を見て、マッサン（玉山鉄二）は小さな不安を抱くのだった。その変化に気づいた千加子はマッサンを呼び出し、二人に子どもができたときのことを考えるなら、広島の実家に帰って酒蔵を継ぐべきだ、そうすれば早苗（泉ピン子）も許してくれると提案する。二人は話し合い、エリーはマッサンについていくと告げるのだが…。
エリー（シャーロット）と二人の子どものことを考え、実家に帰ってくると早苗（泉ピン子）と政志（前田吟）に告げるマッサン（玉山鉄二）。しかし、政志と早苗はその申し出を受け付けず、大阪へ帰れと告げる。さらに、政志は蔵の仕事を手伝わせた真意をマッサンに語り、その言葉を聞いたマッサンはウイスキーづくりへの情熱がこみ上げてくるのだった。そして、エリーとマッサンはもう一度二人の未来について話し合う。
ウイスキーづくりへの決意を新たに大阪へと向かうマッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）。やはり鴨居（堤真一）に頭を下げ雇ってもらうしかないと、マッサンは鴨居商店を訪れるがなかなか話を切り出せない。そんなとき、鴨居は一本の瓶を差し出しマッサンに試飲させる。ウイスキーと炭酸水を混ぜたこの飲み物を新商品として売り出すと聞いたマッサンは、ウイスキーをばかにしていると激怒し出て行ってしまう。
鴨居（堤真一）とは一緒に働かないと意地を張るマッサン（玉山鉄二）に困るエリー（シャーロット）は鴨居商店に呼ばれ、スコットランドの貿易商と鴨居との会談の通訳をすることに。文化レベルが遅れた日本ではウイスキーをつくることなど無理だと主張する貿易商に対して、エリーは思わず通訳を忘れ反論し、鴨居もエリーに同調し追い返してしまう。そこでエリーは、もう一度マッサンにチャンスが欲しいと鴨居に懇願するのだった。
マッサン（玉山鉄二）と鴨居（堤真一）の会談を成功させるため、最高のおもてなしをしたいとエリー（シャーロット）はキャサリン（濱田マリ）らに相談、早苗（泉ピン子）からもらった給金を使い料亭を借りることに。一方、鴨居商店がこの不景気のなか本当にウイスキーづくりができるのかという周囲の声を聞いたマッサンは、鴨居との会談に消極的。そんなマッサンをエリーはしった激励し、いよいよ会談の日を迎えるのだが…。
エリー（シャーロット）の努力が実りようやく迎えたマッサン（玉山鉄二）と鴨居（堤真一）との会談。鴨居は新商品を出した理由と、母親がかつて言ってくれた「やってみなはれ」という言葉を力の源にしてウイスキーづくりに取り組み、世界を驚かせたいと語る。その情熱に心打たれたマッサンは鴨居にウイスキー原酒を振る舞う。しかし、そこで鴨居はピート臭を押さえたウイスキーに改良するようマッサンに提案して…。
月給百円の化学教師の仕事をエリー（シャーロット）のためにも引き受けるべきと周囲に促され思い悩むマッサン（玉山鉄二）。お金がないと生きていけないと、キャサリン（濱田マリ）らも引き受けるべきと言うが、鴨居（堤真一）と一緒にウイスキーづくりをしてほしいエリーは複雑。一方、鴨居もまたウイスキー技術者を探す中で、本場で修行をした男・マッサンなら日本でもウイスキーがつくれるのではと助言され、思い悩むのだった。
鴨居（堤真一）とともに働くことを決意したマッサン（玉山鉄二）。エリー（シャーロット）とともに広島の実家へと向かうと、なぜか早苗（泉ピン子）は上機嫌。しかし、鴨居商店に就職し本格的にウイスキーづくりを始めると報告した途端、ついに夢と結婚を諦め酒蔵を継ぐ気になったと勘違いしていた早苗は不機嫌に。そして、早苗は「どうして外国人に生まれてきたんじゃ」と複雑な思いをエリーにぶつけるのだった。
鴨居商店への入社が決まったマッサン（玉山鉄二）はスコットランドに風土が似た北海道に工場を建てたいと語り、エリー（シャーロット）は喜ぶ。さらに就職祝いにエリーに何かプレゼントをしたいとマッサンは提案するが、エリーはなぜか欲しい物を言いだせないのだった。工場長となったマッサンは、鴨居（堤真一）に工場の設立場所として北海道を、職人は広島から腕の良い蔵人を呼び寄せる計画を説明するのだが…。
鴨居（堤真一）から北海道ではなく、大阪周辺で最適の工場用地を探せと命じられいらだつマッサン（玉山鉄二）。調査報告の席で再度北海道が最適だと主張するが、鴨居は山崎の地を選択し、さらに社員たちから北海道はリスクが高いと非難されてしまう。一方、エリー（シャーロット）は仕事の愚痴ばかりで話を聞こうとしないマッサンに激怒。キャサリン（濱田マリ）や大工の信ちゃん（伊藤えん魔）らと勝手に家の改築話を進めていく。
職人採用の面接が始まるが、一人ずつじっくり面接しようとするマッサン（玉山鉄二）に対し、三人ずつ面接すると言う鴨居（堤真一）。酒造りの経験ではなく一芸ばかりを見て採用する鴨居にあきれ、不満を漏らすマッサン。さらに、鴨居は工場の配置を勝手に変え、マッサンはますます理解できないのであった。一方、エリー（シャーロット）は信ちゃん（伊藤えん魔）から日本家屋のすばらしさを教わり、あることを発見するのだが…。
エリー（シャーロット）はマッサン（玉山鉄二）の山崎への工場用地の下見に一緒にいくと早朝から張り切る。消極的なマッサンに、日本人はどんな土地にでも順応し工夫して暮らしてきた、マッサンなら山崎でも工夫してウイスキーがつくれるはずと励ますエリー。一方、鴨居（堤真一）は、工場の模型を前に山崎の地にある勝算を見いだすのだった。そして、二人は山崎の自然に触れながら普段話せなかった思いを語り合って…。
山崎の地がウイスキーづくりに適していることを発見したマッサン（玉山鉄二）は、鴨居（堤真一）の選択眼に感服する。しかし、鴨居が山崎を選んだ理由は鉄道が近くを走り宣伝に便利なためであった。将来的に工場見学の実施を考えていた鴨居の着想に驚き、一緒にやっていけるか不安になるマッサンに、エリー（シャーロット）は二人そろえば必ずうまくいくと励ます。さらにエリーは広島の蔵人探しについてあることを思いつく。
マッサン（玉山鉄二）とエリー（シャーロット）の前に突然現れた俊夫（八嶋智人）。実はエリーが広島に手紙を出し大阪へ出てきたのだ。鴨居（堤真一）に会わせようと提案するエリーだが、マッサンは鴨居と俊夫は絶対に合わないと反対する。予想どおり鴨居に反抗的な態度をとる俊夫であったが、鴨居はそこが気に入ったと入社を認める。ようやく職人も見つかり、いよいよ始まるウイスキーづくりに二人は喜びをかみしめるのだった。
