ある日、目覚めた裕太は記憶喪失になっていた。鏡で自分の顔を見ても自分が何者か思い出せず混乱する。そこへ裕太を呼ぶ声が響き、導かれるまま声の方へ進んでいくと年季の入った古いパソコンが語りかけてきた。
放課後、謎を探るため再びグリッドマンの元へ訪れる裕太たち。使命を果たせと語りかけるグリッドマンの言葉を聞き、裕太たちは昨夜の出来事で何が変わったのかを調べ始める。
憂鬱な雨の日、1時間目をサボった六花は公園で1人の少年と出会う。いくつか言葉を交わすが少年は何処かへ消えてしまう。その頃、裕太に怪獣の正体について話す内海は１つの恐れを指摘する。
なみことはっすの軽はずみな行動がきっかけで、何故か男子大学生たちと遊ぶ約束を交わしてしまった六花とアカネ。それを知った裕太と内海は焦燥に駆り立てられ、六花たちを尾行する。
校外学習で街の外へ向かう裕太たち。記憶喪失の裕太は初めてのことばかりで浮かれていた。山間の河原でクラスメイトたちとラフティングを楽しむ裕太達だったが…？
アカネの質問に違和感を覚えた裕太は、六花や内海に相談しようとするがタイミングが合わずに1人で抱え込んでしまった。そんな裕太の前に怪しげな少女が現れて——
この街の真実を知った裕太は、内海や六花に話をするが2人とも相手にされなかった。そこでアカネにも話しかけようとするのだが…？そんな中、街では巨大なUFOが浮かんでいた。
ツツジ台高校では数年ぶりに学園祭が催されることになり、各所で準備が進められていた。アレクシスに利用されていると考えた裕太たちはアカネに対して説得を試みる。しかし、アカネは最強の怪獣を見せつけ裕太たちに対して宣戦布告をする。
街に現れた怪獣は何もしないまま、ただ浮いていた。アカネは自身が思い描く世界を取り戻すために裕太たちの時間に干渉する。グリッドマンと断絶した裕太たちは最大の危機を迎える。
アカネが学校を休んだまま怪獣の現れない平穏な日々が続いていた。アカネが作った最後の怪獣はあっけなくグリッドマンに倒され、不気味に立ち尽くす。
街は天井に覆われ、いつもと違う朝を迎えていた。グリッドマンを失ったまま、街には大量の怪獣が発生し始める。アカネは静かに街を見下ろしていた。
１つになった裕太とグリッドマンは真の姿へと覚醒する。そして全員の心を繋げ、最後の戦いに挑む。
2つの日常が交差するとき、世界に新たなる非日常が生まれる― 都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太は記憶の中にあるはずのグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 ２年生に進級し、六花と別のクラスになった裕太は告白を決意する。 そんな平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始めた。 裕太に訪れる危機の最中、突如現れるグリッドマンは語りかける。 「この世界のバランスが崩れようとしている」 やがて真紅の強竜ダイナレックスや、グリッドマンの協力者である新世紀中学生、そして別世界の住人、麻中蓬たちも裕太の前に次々と現れる。 六花への想いを秘めたまま、裕太の非日常が始まった。
1993年より放送された円谷プロダクション制作の特撮ドラマ「電光超人グリッドマン」を原作に、TRIGGERがアニメーション制作を手がけた2018年放送のテレビアニメ「SSSS.GRIDMAN」の劇場総集編。テレビアニメ版の助監督・金子祥之が監督を務め、新解釈ともいえるストーリーで再構成した。 平和な街ツツジ台に、突如として巨大な怪獣が現れた。高校生の響裕太は不思議な声に呼ばれて「ハイパーエージェント・グリッドマン」と一体化し、苦闘の末に怪獣を倒す。その場に居合わせてグリッドマン誕生に立ち会った裕太の同級生・内海将と宝多六花は、裕太と3人でグリッドマン同盟を結成。しかし翌日、3人以外の人々に怪獣についての記憶はなく、犠牲者は元から存在しないことになっていた。裕太たちはグリッドマンと共に、世界の危機に立ち向かうことを決意する。
