No início do Século XVI, uma nau portuguesa à deriva chega à ilha de Santa Helena. Para surpresa do comandante, a ilha é habitada. O habitante da ilha é Fernão Lopes, fidalgo e soldado português, completamente desfigurado. Fernão relata ao Capitão Barbosa a sua partida de Portugal, muitos anos antes e a sua passagem por Goa, onde serviu sob o comando de Afonso de Albuquerque e conheceu o amor da sua vida: Adilah.
Em Goa, Fernão Lopes rapidamente se destaca pela sua bravura em combate e pela sua inteligência. Afonso de Albuquerque aprecia as suas capacidades e confia-lhe as missões de maior responsabilidade. Mas embora seja leal à Coroa, Fernão discorda da forma como os soldados portugueses tratam a população nativa. Numa das suas patrulhas pelo território reencontra Adilah, uma mulher que Fernão defendera de Marcos, um soldado português que a chicoteava. É o início de um amor que vai mudar a vida de Fernão para sempre. Com Afonso de Albuquerque ausente em Portugal, Fernão Lopes é nomeado comandante da guarnição portuguesa. Mas apesar desta prova de confiança, Fernão está cada vez mais dividido entre dois mundos: a sua vida com Adilah e as suas obrigações como soldado português. Numa das suas viagens entre a aldeia e o forte, Fernão cai numa embocada montada por Marcos, que o apunhala e o deixa na selva, quase morto.
Fernão é salvo por Santareno, que o leva para o forte. Este incidente faz com que Fernão tome uma decisão sobre a sua vida: abandona a guarnição portuguesa, acompanhado por Santareno e Julião e casa com Adilah. Mas os momentos de felicidade são breves. Afonso de Albuquerque regressa de Portugal e decide castigar Fernão.
Afonso de Albuquerque decide fazer de Fernão Lopes um exemplo e tortura-o sem piedade em praça pública. Exige que ele se arrependa de todos os seus pecados e que reconheça Jesus Cristo como o único deus. Com a alma pesada pela morte de Adilah, Fernão recusa e sofre torturas que o deixam completamente desfigurado. Só a morte de Albuquerque o liberta do cativeiro. Errando como um mendigo pelas ruas de Goa, Fernão reencontra o Capitão Simão, que conhecera ao chegar a Goa. Simão oferece-lhe a possibilidade de voltar a Portugal na sua nau.
Fernão conta ao Capitão Barbosa que quando a nau de Simão parou em Santa Helena, decidiu ficar, por não querer voltar a Portugal tantos anos depois. A vida na ilha foi muito difícil ao início, mas, a pouco e pouco, conseguiu criar um pequeno mundo e um dia, descobriu um novo e inesperado amigo. No fim do relato, Barbosa oferece a Fernão a possibilidade de voltar a Portugal na sua nau.
Fernão regressa a Portugal. Reencontra-se com o seu irmão e conhece a sua sobrinha, que ainda não era nascida quando partiu para Goa. Descobre que a sua família o deu como morto e que a sua presença é incómoda. Depois de ser recebido pelo Rei de Portugal e pelo Papa, que o perdoa, Fernão decide voltar para o único lugar onde ainda consegue ser feliz.
