地底で眠っていたイザール星人が、人類に対する侵略を開始した。それに立ち向かうべく花月博士は、移動要塞のゴッドフリーダムとマグネロボガ・キーンを作り上げる。
研究所を飛び出した猛であったが、マイティーが合成獣と苦戦しているのを知りゴッドフリーダムに戻った。合成獣タコガニーを破ることが出来るのか？ ガ・キーン！！
武道家日本一を目指す北条猛は戦うとき以外心を一つにすることが出来ず、チームワークを乱したり、勝手な行動をとってしまう。
ガ・キーンの足首を弱点とみた総司令ブレーンは合成獣ロドレフに足首を攻撃させてきた。絶対絶命か？猛は大車輪アタックで反撃にでる!!
独の出た孤児院を盾にして、怪電波を発信、ガ・キーンの合体を妨害するイザール星人たち。独はチームワークを第一に考え、そして皆を信じ、合成獣たちに立ち向かう。
マイナスマグネマンの誘拐を企てるイザール星人たち。寸前に猛が阻止するも、地の底からとてつもない合成獣ツチノゴンが現れる。
ゴッドフリーダムがイザール星人に乗っ取られ、時限爆弾をしかけられた。研究所とガキーン無き地球にイザール星人は合成獣ブルドッガーを送り、絶体絶命のピンチにまで追い込む。
空手試合の決勝戦で、タケルは敗れてしまった。それは技では無く心で負けていたのだ。すなわち相手の心を掴む心の技が足りないからであった。そんなある日、姿が見えなくなる合成獣が現れた
ゴッドフリーダムにフトシの妹、カオリちゃんがやってきた。そのカオリちゃんがイザール星人にさらわれてしまった！がんばれフトシ妹を救うのだ！！
南極基地近海に異常放射能現象が現れ、デリバリー号は原因を突き止めるため気象条件の厳しい南極へ出動した。そこへ合成獣ガメガマが現れ、絶対絶命のピンチに
電気うなぎとザリガニの合成獣エレゴスに猛と舞は巻き込まれてガ・キーンはバラバラになってしまった。敗北にショックを隠せない猛は自分だけが捨て身の戦いに出ようとするが…。
イザール星人はついに人間を改造した合成獣で挑戦してきた。悲しむ猛をよそに合成獣ヒューマは攻撃を仕掛けてくるが…！？
移動要塞ゴッドフリーダム一般公開の日は大勢の人でにぎわっていた。しかし、そこにインベーダーの魔の手が伸び、メインエンジンが爆破された。どうする猛？
今まで培ってきた猛の自信は、本人のうぬぼれとともに合成獣タガーメンとの戦いによって完全に打ち砕かれてしまう…「みんな力をかしてくれ！！」猛の叫びがこだまする。
タンカーが次々と謎の爆発をおこし、沈没、海の藻屑となっていく。原因追求のため、捜査を開始した猛たちの前に合成獣が立ちはだかった！！
「オヤジが危ない」父の安否を心配し、冷静さを欠いた猛はイザール星人の罠とも知らずに飛び出してしまう。しかしそこに現れたのは…！？
イザール星人のリモコン催眠で仲間の１人がスピリット号に爆弾を仕掛けてしまう…パニック状態の地球システム研究所、どうする猛！
猛と舞はブライザーとマイティーに乗り込み、荒れ狂う台風を目の中を捜索を開始。そして合成獣ハリケニアを発見した！！
かつて猛に屈辱を与えて去った男が帰ってきた。もちろん熱い血を抑えることができない猛は木刀を片手に、再び勝負を挑む。嵐の中で繰り広げられる戦いの結末は！？
カオルちゃんがインベーダーに誘拐された！どうすることもできない猛たちはイザール星人にガキーンパーツを渡すことに…さらに合成獣デスガリアンが立ちはだかる！
降り続く雨の影響でこのままでは大洪水になってしまう。その混乱に乗じて、イサール星人たちは合成獣カゲバットにダムを破壊させ、東京を手中に入れようとする
病気の太の代わりに、輸送機“デリバリー”で出撃した優等生を合成獣ブラックウィングとスモールウィングが待ち受ける！果たして太の代わりは務まるのか…!?
マイティーが合成獣に見える!?猛が幻覚症状に陥り、敵と味方の区別がつかなくなってしまった！このピンチをなんとかしなければ勝ち目はない…どうする猛？
海底一万メートルに追い決まれてしまった“ゴッドフリーダム”ハイテクを駆使したこの移動要塞でも深海ではその本領を発揮できない…そこに合成獣ガイカブトが牙をむく!!
射撃のオリンピック優勝候補北見選手がイザール星人に誘拐された。殺し屋として猛を射殺させようというのだ。命は免れたものの腕を撃たれた猛は合成獣に立ち向かうことが出来るのか？
イザール星人は打倒ガ・キーンにミイラスを送り込む。そんな中、猛の父親が心臓発作で倒れた。そのことを隠し合成獣に向かっていく猛であったが…。
合成獣ハチラスとの対決で猛たちが苦戦しているところに、天才とカオルちゃんの乗ったなんとも不思議な乗り物が現れた。そしてその珍妙な乗り物が大活躍!?
新兵器で「シャベルパワー」が完成した。それで地底をもぐり突き進むことが可能となるのだ。そんな時、コックローの手で各地の食料倉庫が爆破され、地下の大倉庫が危なくなった。
香港からドラゴンリーがヌンチャクを手に猛に再試合を申し込んできた。そんな時合成獣が現れその決闘は中断。苦戦するガ・キーンであったが新兵器のヌンチャクで反撃。それを見たリーは…。
突然偽ガキーンが現れ、街で暴れ出した。イザール星人がガキーンの性能を分析し、ガ・キーンと瓜二つのものを作ったのだ。いったいイザール星人の狙いとは…。
猛と舞のどちらかがいなくてもガ・キーンに合体できるマグネマンダミーが完成した！合成獣ムササビー相手に猛とマグネマンダミーが中を舞う!!
ゴッドフリーダムで重戦車の完成を急いでいる頃、合成獣が出現した。ガ・キーンになって闘ったが太刀打ちできず哀れにも倒れてしまった猛。父親に救いを求めるが、父親は猛に戦いを挑んでくる。
レーダー網をかいくぐり合成獣が次々に各地を襲いはじめた。所長はガ・キーンのスピードアップの新兵器マッハウイングの完成を急ぎ、高感度レーダー開発マスキー博士を海外から呼んだ。しかし、イザール星人の攻撃はさらに強まるばかり…。
カオルちゃんが家出？ピエロが次々と子供を誘拐し始めた！ これはもしや…そして合成獣ドドロとともに特別攻撃隊長ギャザーンが現れた！
ガ・キーン重戦車を改造する計画が実行に移される中、イザール星ブレーン総司令官が自ら出撃してきた！巨大化したそのパワーははかりしれない。どうするガ・キーン!?
ガ・キーンをいつまでも倒せないことに苛立つ帝王がついに自らの姿を現し、合成獣の強化に乗り出した。強化された合成獣の力はすごく一度はガ・キーンも引き上げざろう得なかった。猛たちはバリアントアンカー号で決死のアタックに出る。
自然動物園にインベーダーたちが襲い、殺傷力の強い病原菌を動物達に撃ち込んだ。様子がおかしいと連絡を受けた猛たちだったが、ちょうどその頃合成獣イザール原人が現れ暴れだした。
偵察が任務のはずのマイティーをパワーアップしようと舞が無茶な改造をし始めた。それを所長に怒られふて腐れる舞。その頃合成獣マントラが現れ猛威を振るう。猛がフライダーで出動するも手ごわくミサイルもビームもはねのけてしまう。これではガ・キーンになっても危ない!?
猛たちが合成獣との戦いに手を焼いている頃、ゴッドフリーダムにも攻撃の手が掛かってきた。今度ばかりは大苦戦だ。そして片腕を失ったガ・キーンの前についに帝王がその巨大化した姿を現した。イザール星の総攻撃に地球を守るべく最後の底力を見せることが出来るのか!?